Identification of Deferentially Expressed Proteins in Milk during Experimental Bovine Mastitis using Difference Gel Electrophoresis
Notice bibliographique
Résumé
In order to identify and understand key changes in protein profile of milk during mastitis as a guide to detecting markers for prompt management of the disease, milk from cows in which clinical mastitis were experimentally induced were subjected to a difference gel electrophoresis (DiGE) analysis. Pooled samples from 6 udders (from 6 cows) of three selected time points; 0, 81 and 312 hours post‐challenge of S. uberis mastitis were analysed. These corresponded to samples from pre‐infection, peak and resolution phase of the mastitis challenge. After preliminary sample preparation, concentration and pooling steps, samples were labeled with CyDyes® (CyDye 2, 3 and 5) after which isoelectric focusing and gel electrophoresis were carried out respectively. DiGE gels were subsequently scanned and ImageQuant, ImageJ and DeCyder ™ 2D (version 7.0) software were used to crop, obtain Jpeg images and carry out 2‐D differential analysis and processing of the images respectively. Biological Variation Analysis (BVA) software (GE Healthcare life sciences, Buckinghamshire, UK) was also used to evaluate the gels and create a gel to gel matching of spots (qualitatively and quantitatively) within the three gels produced. Overall, a total of 521 proteins spots were identified as changing significantly across the period of intramammary infection (qualitatively or quantitatively) in milk. This demonstrates the large repertoire of protein biomarker candidates available for potential employment and indicators of this disease. Some of these spots were excised for further protein identification by LC‐MS/MS analysis. Further studies are required to elucidate the merits and demerits of these changing proteins in order to identify the most suitable for clinical application in mastitis diagnosis. Support or Funding Information Zoetis, UK and TETFUND, Nigeria are acknowledged for PhD studentship funding This abstract is from the Experimental Biology 2019 Meeting. There is no full text article associated with this abstract published in The FASEB Journal .
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».