Phenol/Chloroform Genomic DNA extraction from Tissue Culture cells v1
Notice bibliographique
Résumé
Old-School Phenol/Chloroform Genomic HMW DNA Preparation In order to mitigate damage/shearing of genomic DNA we have avoided kits etc. that employ beads or a matrix that your DNA must associate with or sieve through (blend :o)). We have not gone the whole hog at this point and used nuclei preps, dialysis or plug extractions etc. as we have found that material produced from a simple and rapid phenol/chloroform prep is more than adequate and high yielding. We have done some limited salting out experiments as a substitute for the phenol/chloroform approach but have some remaining questions around size and stability in the fridge for extended periods that need resolving. We will be revisiting this. The jumping off point for us was using methods detailed in “Molecular Cloning: A laboratory Manual” by Sambrooke and Russell. If you are at a large institution there will probably be copies around on people’s shelves or in the library collecting dust. It’s time to dust those off, they have been patiently waiting for their day in the sun again :o)). Chapter 6 is a good place to start. This approach produces DNA that is more than large enough for any nanopore sequencing currently.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,052 | 0,073 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».