Validation of a Preformulated, Field Deployable, Recombinase Polymerase Amplification Assay for Phytophthora Species
Notice bibliographique
Résumé
Recombinase polymerase amplification (RPA) assays are valuable molecular diagnostic tools that can detect and identify plant pathogens in the field without time-consuming DNA extractions. Historically, RPA assay reagents were commercially available as a lyophilized pellet in microfuge strip tubes, but have become available in liquid form more recently—both require the addition of primers and probes prior to use, which can be challenging to handle in a field setting. Lyophilization of primers and probes, along with RPA reagents, contained within a single tube limits the risk of contamination, eliminates the need for refrigeration, as the lyophilized reagents are stable at ambient temperatures, and simplifies field use of the assays. This study investigates the potential effect of preformulation on assay performance using a previously validated Phytophthora genus-specific RPA assay, lyophilized with primers and probes included with the RPA reagents. The preformulated lyophilized Phytophthora RPA assay was compared with a quantitative polymerase chain reaction (qPCR) assay and commercially available RPA kits using three qPCR platforms (BioRad CFX96, QuantStudio 6 and Applied Biosystems ViiA7) and one isothermal platform (Axxin T16-ISO RPA), with experiments run in four separate labs. The assay was tested for sensitivity (ranging from 500 to 0.33 pg of DNA) and specificity using purified oomycete DNA, as well as crude extracts of Phytophthora-infected and non-infected plants. The limit of detection (LOD) using purified DNA was 33 pg in the CFX96 and ViiA7 qPCR platforms using the preformulated kits, while the Axxin T16-ISO RPA chamber and the QuantStudio 6 platform could detect down to 3.3 pg with or without added plant extract. The LOD using a crude plant extract for the BioRad CFX96 was 330 pg, whereas the LOD for the ViiA7 system was 33 pg. These trials demonstrate the consistency and uniformity of pathogen detection with preformulated RPA kits for Phytophthora detection when conducted by different labs using different instruments for measuring results.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».