Identification and characterization of large-scale genomic rearrangements during wheat evolution
Notice bibliographique
Résumé
Following allopolyploidization, nascent polyploid wheat species react with massive genomic rearrangements, including deletion of transposable element-containing sequences. While such massive rearrangements are considered to be a prominent process in wheat genome evolution and speciation, their structure, extent, and underlying mechanisms remain poorly understood. In this study, we retrieved ~3500 insertions of a specific variant of Fatima, one of the most dynamic gypsy long-terminal repeat retrotransposons in wheat from the recently available high-quality genome drafts of Triticum aestivum (bread wheat) and Triticum turgidum ssp. dicoccoides or wild emmer, the allotetraploid mother of all modern wheats. The dynamic nature of Fatima facilitated the identification of large (i.e., up to ~ 1 million bases) Fatima-containing insertions/deletions (indels) upon comparison of bread wheat and wild emmer genomes. We characterized 11 such indels using computer-assisted analysis followed by PCR validation, and found that they might have occurred via unequal intra-strand recombination or double-strand break (DSB) events. Additionally, we observed one case of introgression of novel DNA fragments from an unknown source into the wheat genome. Our data thus indicate that massive large-scale DNA rearrangements might play a prominent role in wheat speciation.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».