Analysis of FGF20-regulated genes in organ of Corti progenitors by translating ribosome affinity purification
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Background Understanding the mechanisms that regulate hair cell (HC) differentiation in the organ of Corti (OC) is essential to designing genetic therapies for hearing loss due to HC loss or damage. We have previously identified Fibroblast Growth Factor 20 (FGF20) as having a key role in HC and supporting cell differentiation in the mouse OC. To investigate the genetic landscape regulated by FGF20 signaling in OC progenitors, we employ Translating Ribosome Affinity Purification combined with Next Generation mRNA Sequencing (TRAPseq) in the Fgf20 lineage. Results We show that TRAPseq targeting OC progenitors effectively enriched for mRNA within this rare cell population. TRAPseq identified differentially expressed genes downstream of FGF20, including Etv4, Etv5, Etv1, Dusp6, Hey1, Hey2, Heyl, Tectb, Fat3, Cpxm2, Sall1, Sall3 , and cell cycle regulators such as Cdc20 . Analysis of Cdc20 conditional-null mice identified decreased cochlea length, while analysis of Sall1-ΔZn 2-10 mice, which harbor a mutation that causes Townes-Brocks syndrome, identified a decrease in outer hair cell number. Conclusions We present two datasets: genes with enriched expression in OC progenitors, and genes regulated by FGF20 in the embryonic day 14.5 cochlea. We validate select differentially expressed genes via in situ hybridization and in vivo functional studies in mice. Key findings Translating Ribosome Affinity Purification (TRAP) with Fgf20-Cre enriches for prosensory cell mRNA TRAP combined with RNAseq identifies genes downstream of FGF20 during prosensory cell differentiation FGF20 regulates Sall1, gene implicated in human sensorineural hearing loss Grant Sponsor and Number National Institute on Deafness and Other Communication Disorders – DC017042 (DMO) Washington University Institute of Clinical and Translational Sciences and National Center for Advancing Translational Sciences – CTSA grant UL1TR002345 (JIT471 to DMO) March of Dimes – 6-FY13-127 (MR)
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».