Application of combined genomic and transfer analyses to identify factors mediating regional spread of antibiotic resistant bacterial lineages
Notice bibliographique
Résumé
ABSTRACT Background Patients entering nursing facilities (NFs) are frequently colonized with antibiotic resistant organisms (AROs). To understand the determinants of ARO colonization on NF admission we applied whole-genome sequencing to track the spread of four ARO species across regional NFs and evaluated patient-level characteristics and transfer acute-care hospitals (ACHs) as risk factors for colonization. Methods 584 patients from six NFs were surveyed for methicillin-resistant Staphylococcus aureus ( MRSA), vancomycin-resistant Enterococcus faecalis / faecium (VREfc/VREfm) and ciprofloxacin-resistant Escherichia coli (CipREc) colonization. Genomic analysis was performed to quantify ARO spread between NFs and compared to patient-transfer networks. The association between admission colonization and patient-level variables and recent ACH exposures was examined using multivariable regression models. Results The majority of ARO isolates across study sites belonged to major healthcare-associated lineages: MRSA (ST5;N=89/117); VREfc (ST6;N=68/75); CipREc (ST131; N=58/64), and VREfm (clade A; N=129/129). While the genomic similarity of strains between NF pairs was associated with overlap in their feeder ACHs (Spearman’s rho=0.44-0.75, p<0.05 for MRSA, VREfc and CipREc), limited phylogenetic clustering by either ACH or NF supported regional endemicity. Significant predictors for ARO colonization on NF admission included lower functional status (adjusted odds ratio [aOR]>1 for all four AROs) and recent exposure to glycopeptides (aOR>2 for VREfm, VREfc and MRSA) or 3 rd /4 th -generation cephalosporins (aOR>2 for MRSA and VREfm). Transfer from specific ACHs was an independent risk factor for only one ARO/ACH pair (VREfm/ACH19, aOR=2.48[1.06-5.83]). Conclusion In this region, healthcare-associated ARO lineages are endemic among connected NFs and ACHs, making patient characteristics more informative of NF admission colonization risk than exposure to specific ACHs. Summary Using a combination of whole-genome sequencing, patient transfer and clinical data, we discerned the dissemination of four high-priority antibiotic-resistant organisms (ARO) in the regional healthcare network, and epidemiolocal drivers underlying the high ARO importation rate into regional nursing facilities.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,004 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».