Complete and validated genomes from a metagenome
Notice bibliographique
Résumé
0.1 Abstract The assembly and binning of metagenomically-assembled genomes (MAGs) using Illumina sequencing has improved the genomic characterization of unculturable communities. However, short-read-only metagenomic assemblies rarely result in completed genomes because of the difficulty assembling repetitive regions. Here, we present a strategy to complete and validate multiple MAGs from a bacterial community using a combination of short and ultra long reads (N50 > 25 kb). Our strategy is to perform an initial long read-only metagenomic assembly using metaFlye, followed by multiple rounds of polishing using both long and short reads. To validate the genomes, we verified that longs reads spanned the regions that were not supported by uniquely mapped paired-end Illumina sequences. We obtained multiple complete genomes from a naphthenic acid-degrading community, including one from the recently proposed Candidate Phyla Radiation. The majority of the population is represented by the assembled genomes; recruiting 63.77 % of Nanopore reads, and 64.38 % of Illumina reads. The pipeline we developed will enable researchers to validate genomes from metagenomic assemblies, increasing the quality of metagenomically assembled genomes through additional scrutiny.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».