Genetic diversity and phylogeny of strains of <i>Clavibacter nebraskensis</i> associated with recent and historic Goss's wilt epidemics in the north Central USA
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Goss's wilt and blight of maize, caused by Clavibacter nebraskensis , is an important disease in the USA and Canada. The re‐emergence of Goss's wilt in the mid‐2000s and the subsequent spread of this disease probably resulted from changes in crop management practices and possibly changes in the pathogen population. The objectives of this study were to determine the genetic diversity and phylogeny of strains of C . nebraskensis associated with recent and historic Goss's wilt epidemics in the north Central USA, to measure the effects of collection period on population structure, and to identify the phylogenetic status of avirulent strains of C . nebraskensis . Multilocus sequence analysis and typing were used to address these objectives. Bayesian analysis of the sequences of atpD , dnaK , and kdpA separated the type strain of C . nebraskensis from type or reference strains of three other Clavibacter spp. The 125 strains of C . nebraskensis used in this study formed a monophyletic taxon. Four lineages were identified. Clades I, II, and IV contained a high proportion of highly virulent strains from the Upper Midwest. Clade III contained a high proportion of strains from Nebraska, Colorado, and South Dakota collected between 1969 and 1998. A significant substructure was detected between subpopulations from historic outbreaks in Nebraska and Colorado and more recent outbreaks in Minnesota. Virulence or avirulence in maize was not correlated with a particular MLSA clade. The results support the hypothesis that genetic changes in the population of C . nebraskensis were correlated with recent area expansions of Goss's wilt.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».