Determining organ weight toxicity with Bayesian causal models: Improving on the analysis of relative organ weights
Notice bibliographique
Résumé
Regulatory authorities require animal toxicity tests for new chemical entities. Organ weight changes are accepted as a sensitive indicator of chemically induced organ damage, but can be difficult to interpret because changes in organ weight might reflect chemically-induced changes in overall body weight. A common solution is to calculate the relative organ weight (organ to body weight ratio), but this inadequately controls for the dependence on body weight - a point made by statisticians for decades, but which has not been widely adopted. The recommended solution is an analysis of covariance (ANCOVA), but it is rarely used, possibly because both the method of statistical correction and the interpretation of the output may be unclear to those with minimal statistical training. Using relative organ weights can easily lead to incorrect conclusions, resulting in poor decisions, wasted resources, and an ethically questionable use of animals. We propose to cast the problem into a causal modelling framework as it directly assesses questions of scientific interest, the results are easy to interpret, and the analysis is simple to perform with freely available software. Furthermore, by taking a Bayesian approach we can model unequal variances, control for multiple testing, and directly provide evidence of safety.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,025 | 0,092 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,003 | 0,004 |
| Bibliométrie | 0,005 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,002 |
| Communication savante | 0,003 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,003 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,005 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».