β‐catenin in the kidney stroma modulates pathways and genes that regulate kidney development
Notice bibliographique
Résumé
Kidney development is dependent on proper cell communication between the epithelial, mesenchymal and stromal cell lineages. Recent studies by our laboratory, and others, demonstrate that the renal stroma, a population of fibroblast‐like cells, is required for proper collecting duct and nephron formation. However, how the renal stroma communicates with other cell lineages and contributes to proper kidney development is not well known. β‐catenin is a multifunctional protein involved in cell adhesion and transcriptional regulation. Our previous work demonstrated that stromal β‐catenin alters gene expression and the development of the neighbouring epithelial and mesenchymal cells. However, how stromal β‐catenin regulates stromal communication with the other cell lineages is not well established. We hypothesize that stromal β‐catenin modulates genes and signaling pathways that mediate this cellular communication. To address this hypothesis, we generated mouse models with β‐catenin deficiency ( β‐cat stroma(def) ) or overexpression ( β‐cat stroma(over) ) exclusively in the renal stroma. Wild‐type, β‐cat stroma(def) and β‐cat stroma(over) stromal cells were isolated at E12.5 and E13.5 via fluorescence activated cell sorting (FACS) and were verified by quantitative RT‐PCR to be a pure population of stroma cells. The isolated stromal cells then underwent RNA sequencing (RNA‐seq). The RNA‐seq analysis identified 93 biological processes that were down‐regulated in β‐cat stroma(def) cells at E12.5 and E.13.5, and 491 biological processes that were up‐regulated in β‐cat stroma(over) cells at E12.5 and E13.5. Interestingly, 76% of the biological pathways that were down‐regulated in the β‐cat stroma(def) model at both E12.5 and E13.5 were also up‐regulated in the β‐cat stroma(over) at both time points, strongly suggesting that they are regulated by β‐catenin. Of particular interest to our research were the biological processes that were significantly modulated by stromal β‐catenin and are associated with key kidney developmental processes. Specifically, 8 processes linked to Wnt signaling, 16 processes linked to branching morphogenesis, 5 processes linked to nephrogenesis, and 15 processes linked to angiogenesis. Select differentially expressed candidate genes from these biological pathways were validated by immunohistochemistry, immunofluorescence, or in situ hybridization at E12.5 and E13.5. The RNA‐seq also identified numerous novel candidate β‐catenin target genes with undefined roles in kidney development. Novel genes that were most significantly down‐regulated in the β‐cat stroma(def) cells and/or up‐regulated in the β‐cat stroma(over) at both E12.5 and E13.5 included Emilin2, Atrnl1, Car3, Apcdd1, LHFP, Pitx1, Npy1r, Sttb3, Mctp2, Nkd2, Man1a and Car13 . In conclusion, our results support that stromal β‐catenin plays a significant role in regulating multiple major kidney developmental processes, including branching morphogenesis, nephrogenesis and angiogenesis. Support or Funding Information NSERC, CIHR, KFOC
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».