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Enregistrement W3016696815 · doi:10.2196/16843

Deep Learning Frameworks for Rapid Gram Stain Image Data Interpretation: Protocol for a Retrospective Data Analysis

2020· article· en· W3016696815 sur OpenAlexvenueno aff
Kim Eun Hee, Thomas Ganslandt, Thomas Miethke, Michael Neumaier, Maximilian Kittel

Notice bibliographique

RevueJMIR Research Protocols · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCell Image Analysis Techniques
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésComputer scienceProtocol (science)Artificial intelligenceInterpretation (philosophy)Natural language processingInformation retrievalData scienceMedicinePathologyAlternative medicineProgramming language

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: In recent years, remarkable progress has been made in deep learning technology and successful use cases have been introduced in the medical domain. However, not many studies have considered high-performance computing to fully appreciate the capability of deep learning technology. OBJECTIVE: This paper aims to design a solution to accelerate an automated Gram stain image interpretation by means of a deep learning framework without additional hardware resources. METHODS: We will apply and evaluate 3 methodologies, namely fine-tuning, an integer arithmetic-only framework, and hyperparameter tuning. RESULTS: The choice of pretrained models and the ideal setting for layer tuning and hyperparameter tuning will be determined. These results will provide an empirical yet reproducible guideline for those who consider a rapid deep learning solution for Gram stain image interpretation. The results are planned to be announced in the first quarter of 2021. CONCLUSIONS: Making a balanced decision between modeling performance and computational performance is the key for a successful deep learning solution. Otherwise, highly accurate but slow deep learning solutions can add value to routine care. INTERNATIONAL REGISTERED REPORT IDENTIFIER (IRRID): DERR1-10.2196/16843.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,003
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,005
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesMéta-épidémiologie (sens strict)
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Protocole · Signal consensuel: Protocole
Score de désaccord entre enseignants0,379
Score d'incertitude au seuil1,000

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0030,005
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0030,003
Intégrité de la recherche0,0000,001
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,171
Tête enseignante GPT0,558
Écart entre enseignants0,387 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreProtocole

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations17
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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