A mitochondrial recruitment assay to characterize a family of DENN‐domain proteins, Rab GDP/GTP exchange factors.
Notice bibliographique
Résumé
Intracellular membrane trafficking controls the levels, localization and functional activity of a myriad of proteins and is thus critical for cellular function. Rab GTPases are molecular switches that regulate membrane trafficking by toggling between GTP‐bound (active; membrane‐bound) and GDP‐bound (inactive; cytosolic) states. These GTPases are controlled largely by guanine nucleotide exchange factors (GEFs) that mediate the exchange of GDP for GTP. Mammalian cells possess 61 Rabs but many of their GEFs are unknown. One of the largest family of Rab GEFs contain an evolutionarily conserved protein module called the DENN domain. There are 18 DENN domain proteins but many of their corresponding Rab GTPase partner(s) are either not known or are controversial. This is due to the fact that all studies concerning DENN domains have used biochemical and in‐vitro assays, which do not reflect physiological conditions. Here we describe a cell‐based GEF assay as a method to identify GTPase substrates of DENN domain proteins. By overexpressing DENN domains fused to a mitochondrial targeting sequence we can drive the recruitment of physiological GTPase substrates to the mitochondrial membrane, which can then be detected by immunofluorescence analysis. We validated our assay with a known DENN/Rab pair, DENND1A and Rab35. Using a panel of GFP‐tagged Rabs we have resolved controversies over previously reported DENN/Rab pairs and have identified new Rab substrates for DENN domains. Identifying the full complement of DENN/Rab pairs will provide new insights into membrane trafficking and cellular function. Support or Funding Information 1) Canada First Research Excellence Fund, awarded to McGill University for Healthy Brains for Healthy Lives. 2) ALS Canada
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».