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Enregistrement W3016840787 · doi:10.1038/s41580-020-0237-9

Guidelines and definitions for research on epithelial–mesenchymal transition

2020· review· en· W3016840787 sur OpenAlexaff
Jing Yang, Parker B. Antin, Geert Berx, Cédric Blanpain, Thomas Brabletz, Marianne Bronner‐Fraser, Kyra Campbell, Amparo Cano, Jordi Casanova, Gerhard Christofori, Shoukat Dedhar, Rik Derynck, Heide L. Ford, Jonas Fuxe, Antonio García de Herreros, Gregory J. Goodall, Anna‐Katerina Hadjantonakis, Ruby Yun‐Ju Huang, Chaya Kalcheim, Raghu Kalluri, Yibin Kang, Yeesim Khew‐Goodall, Herbert Levine, Jinsong Liu, Gregory D. Longmore, Sendurai A. Mani, Joan Massagué, Roberto Mayor, David R. McClay, Keith E. Mostov, Donald F. Newgreen, M. Ángela Nieto, Alain Puisieux, Raymond B. Runyan, Pierre Savagner, Ben Z. Stanger, Marc P. Stemmler, Yoshiko Takahashi, Masatoshi Takeichi, Eric Théveneau, Jean Paul Thiery, Erik W. Thompson, Robert A. Weinberg, Elizabeth D. Williams, Jianhua Xing, Binhua P. Zhou, Guojun Sheng

Notice bibliographique

RevueNature Reviews Molecular Cell Biology · 2020
Typereview
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCancer Cells and Metastasis
Établissements canadiensUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesEunice Kennedy Shriver National Institute of Child Health and Human DevelopmentNational Institute of Environmental Health SciencesNational Institute of Diabetes and Digestive and Kidney DiseasesNational Cancer InstituteBiotechnology and Biological Sciences Research CouncilWellcome Trust
Mots-clésTerminologyEpithelial–mesenchymal transitionConceptual frameworkBiologyData scienceComputational biologyBioinformaticsComputer scienceMetastasisCancerSociologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Epithelial-mesenchymal transition (EMT) encompasses dynamic changes in cellular organization from epithelial to mesenchymal phenotypes, which leads to functional changes in cell migration and invasion. EMT occurs in a diverse range of physiological and pathological conditions and is driven by a conserved set of inducing signals, transcriptional regulators and downstream effectors. With over 5,700 publications indexed by Web of Science in 2019 alone, research on EMT is expanding rapidly. This growing interest warrants the need for a consensus among researchers when referring to and undertaking research on EMT. This Consensus Statement, mediated by 'the EMT International Association' (TEMTIA), is the outcome of a 2-year-long discussion among EMT researchers and aims to both clarify the nomenclature and provide definitions and guidelines for EMT research in future publications. We trust that these guidelines will help to reduce misunderstanding and misinterpretation of research data generated in various experimental models and to promote cross-disciplinary collaboration to identify and address key open questions in this research field. While recognizing the importance of maintaining diversity in experimental approaches and conceptual frameworks, we emphasize that lasting contributions of EMT research to increasing our understanding of developmental processes and combatting cancer and other diseases depend on the adoption of a unified terminology to describe EMT.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,021
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,026
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: Sans objet
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: Synthèse
Score de désaccord entre enseignants0,021
Score d'incertitude au seuil0,113

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0210,026
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0030,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0040,004
Bibliométrie0,0160,015
Études des sciences et des technologies0,0020,007
Communication savante0,0060,008
Science ouverte0,0080,005
Intégrité de la recherche0,0080,012
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0130,017

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,326
Tête enseignante GPT0,501
Écart entre enseignants0,175 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations2 301
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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