RubyACRs, non-algal anion channelrhodopsins with highly red-shifted absorption
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Channelrhodopsins are light-gated ion channels widely used to control neuronal firing with light (optogenetics). We report two previously unknown families of anion channelrhodopsins (ACRs), one from the heterotrophic protists labyrinthulomycetes and the other from haptophyte algae. Four closely related labyrinthulomycete ACRs, named RubyACRs here, exhibit a unique retinal binding pocket that creates spectral sensitivities with maxima at 590-610 nm, the most red-shifted channelrhodopsins known, long-sought for optogenetics, and more broadly the most red-shifted microbial rhodopsins so far reported. We identified three spectral tuning residues critical for the red-shifted absorption. Photocurrents recorded from the RubyACR from Aurantiochytrium limacinum (designated Al ACR1) under single-turnover excitation exhibited biphasic decay, the rate of which was only weakly voltage-dependent, in contrast to that in previously characterized cryptophyte ACRs, indicating differences in channel gating mechanisms between the two ACR families. Moreover, in A. limacinum we identified three ACRs with absorption maxima at 485, 545, and 590 nm, indicating color-sensitive photosensing with blue, green and red spectral variation of ACRs within individual species of the labyrinthulomycete family. We also report energy transfer from a cytoplasmic fluorescent protein domain to the retinal chromophore bound within RubyACRs, not seen in similar constructs in other channelrhodopsins. Significance Statement Our identification and characterization of two ACR families, one from non-photosynthetic microorganisms, shows that light-gated anion conductance is more widely spread among eukaryotic lineages than previously thought. The uniquely far red-shifted absorption spectra of the subset we designate RubyACRs provide the long-sought inhibitory optogenetic tools producing large passive currents activated by long-wavelength light, enabling deep tissue penetration. Previously only low-efficiency ion-pumping rhodopsins were available for neural inhibition by the orange-red region of the spectrum. The unusual amino acid composition of the retinal-binding pocket in RubyACRs expands our understanding of color tuning in retinylidene proteins. Finally, energy transfer from the fluorescent protein used as a tag on RubyACRs opens a potential new dimension in molecular engineering of optogenetic tools.
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Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
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score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».