Description of Eikenella halliae sp. nov. and Eikenella longinqua sp. nov., derived from human clinical materials, emendation of Eikenella exigua Stormo et al. 2019 and emendation of the genus Eikenella to include species which are strict anaerobes
Notice bibliographique
Résumé
TheHaemophilus, Aggregatibacter, Cardiobacterium, Eikenella, Kingella(HACEK) group genus Eikenella contained a single species,Eikenella corrodens,for many years. In November 2019, Eikenella exigua was described after recovery from a brain abscess and blood culture in Norway. Coincidentally, characterization of 22 Gram-negative bacteria resembling Eikenella from 17 Canadian patients had been underway. Seven isolates from five patients were conclusively identifiable as E. corrodens . One (NML 120819) was deemed to represent a species of the genus Eikenella most closely related to E. corrodens . Fourteen isolates had 97.6 to 98.8% similarities to E. corrodens by 16S rRNA gene sequencing, forming three distinct groups by genome analyses. The largest contained ten anaerobic isolates from eight patients recovered from blood, brain, bone and other abscesses; upon re-evaluation, this group was found to be most consistent with E. exigua . A second facultatively anaerobic clade consisted of two ocular isolates from one patient and a sinus isolate from a second patient. The third taxon consisted of a single strictly anaerobic blood culture isolate. The novel taxa, like E. corrodens , were poorly reactive biochemically and difficult to discern from each other phenotypically and chemotaxonomically, including by cellular fatty acids. MALDI-TOF (Bruker) and whole-genome sequencing were used to further characterize isolates. Draft genomes for the strains had similar DNA G+C contents (55.38–58.53 mol%) while sizes varied from 1.82 Mb to 2.54 Mb. We propose here emendations of the genus Eikenella and the species Eikenella exigua , as well as describingEikenella halliaesp. nov. NML 130454T(=LMG 30894T=NCTC 14180T) andEikenella longinquasp. nov. NML 02-A-017T(=LMG 30896T=NCTC 14179T), on the basis of these findings.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».