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Enregistrement W3017089473 · doi:10.1096/fasebj.2020.34.s1.00659

The Lipid Anticancer Drug Edelfosine Affects Gene Expression Regulation

2020· article· en· W3017089473 sur OpenAlexaffabout
Maria Laura Sosa Ponce, Jennifer A. Cobb, Vanina Zaremberg

Notice bibliographique

RevueThe FASEB Journal · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueNuclear Structure and Function
Établissements canadiensUniversity of Calgary
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésGene expressionDownregulation and upregulationBiologyGeneCell biologyChemistryBiochemistry

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Sirtuins are highly conserved regulators of gene expression. A genetic screen performed by our group using budding yeast found that sensitivity to the anticancer lipid drug edelfosine is alleviated in cells lacking sirtuins (SIR complex in yeast). The mechanism by which sirtuins mediate sensitivity to edelfosine, which localizes to the nuclear envelope (NE), is unclear. Here, we investigated the effect of edelfosine on the nuclear membrane and regulation of the nucleus. Using fluorescence microscopy, we observed NE deformation and changes in clustering of the telomere‐binding proteins Rap1 and Sir4. Transcriptomic analysis of cells treated with edelfosine showed major downregulation of genes known to be bound by Rap1, with enrichment of ribosomal protein genes. The overall effect of edelfosine on gene expression was reduced in sir4 Δ mutant cells. We also found that constitutive deacetylation of histone H4 Lys16, a target of the SIR complex, caused hypersensitivity to edelfosine. We speculate that edelfosine disrupts genomic regulation via a SIR‐mediated mechanism. We show here that lipid anticancer drugs can affect DNA regulation by disrupting the NE, which has interesting implications for potential combination therapies. Support or Funding Information This work has been financially supported by the Natural Sciences and Engineering Research Council of Canada to VZ and JAC. Also supported by a QEII scholarship to MLSP.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,003

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,007
Tête enseignante GPT0,214
Écart entre enseignants0,207 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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