A method for validating the accuracy of NMR protein structures
Notice bibliographique
Résumé
Abstract We present a method, Accuracy of NMR Structures using Random Coil Index and Rigidity (ANSURR), that measures the accuracy of NMR protein structures. It provides a residue-by-residue comparison of two measures of local rigidity: the Random Coil Index [RCI] (a measure of the extent to which backbone chemical shifts adopt random coil values); and local rigidity predicted by mathematical rigidity theory using the computational method Floppy Inclusion and Rigid Substructure Topology [FIRST], calculated from an NMR structural model. We compare RCI and FIRST using a correlation score (which assesses the location of secondary structure), and an RMSD score (which measures overall rigidity, and mainly assesses hydrogen bond correctness). We test the performance of ANSURR using: (a) structures refined in explicit solvent, which have much better RMSD score than unrefined structures, though similar correlation; (b) decoy structures generated for 89 NMR structures. The experimental NMR structures are usually better, though helical and sheet structures behave differently; (c) conventional predictors of structural accuracy such as number of restraints per residue, restraint violations, energy of structure, RMSD of the ensemble (precision of the calculation), Ramachandran distribution, and clashscore. Comparisons of NMR to crystal structures show that secondary structure is equally accurate in both, but crystal structures tend to be too rigid in loops, whereas NMR structures tend to be too floppy overall.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,016 | 0,070 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,004 | 0,002 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,002 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,003 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».