Preliminary structural characterization of a methyltransferase involved in rhodoquinone biosynthesis
Notice bibliographique
Résumé
The primary process of energy production for most eukaryotes involves oxidative respiration via the electron transport chain (ETC). In the ETC, electrons are moved by the electron carrier ubiquinone through membrane‐bound protein complexes that pump protons across the mitochondrial membrane, which creates a proton chemical gradient. This gradient is used to produce adenosine triphosphate, which is the primary source of energy in the cell. Oxygen is the final electron acceptor of the ETC for aerobic organisms, but for organisms that live in low‐oxygen environments, other strategies are required for the ETC to function. One strategy used by many species of bacteria and protists is to produce rhodoquinone, which is a derivative of ubiquinone. Rhodoquinone allows the ETC to function in the absence of oxygen by allowing it to use fumarate as the final electron acceptor. RQ is synthesized by the enzyme RquA, which likely uses ubiquinone as a substrate. Our goal is to structurally characterize RquA to better understand its mechanism of catalysis. We used E. coli to overexpress RquA derived from Pygsuia biforma and Rhodospirillum rubrum with a variety of fusion tags and found that RquA expresses to a high level but is located in inclusion bodies. We have developed refolding procedures to isolate RquA and are now characterizing its structure as well as the substrates required for RQ production. Support or Funding Information This research is funded by the New Frontiers in Research Fund ‐ Exploration Stream
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».