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Enregistrement W3017426677 · doi:10.1096/fasebj.2020.34.s1.05345

An interbacterial toxin inhibits target cell growth by synthesizing (p)ppApp

2020· article· en· W3017426677 sur OpenAlexaffabout
John C. Whitney, Shehryar Ahmad, Boyuan Wang, Michael T. Laub

Notice bibliographique

RevueThe FASEB Journal · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueAntibiotic Resistance in Bacteria
Établissements canadiensMcMaster University
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBacteriaEffectorBiologyCell envelopeNucleotideSecretionCell biologyAdenosineMicrobiologyBiochemistryGeneticsGeneEscherichia coli

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Bacteria have evolved sophisticated mechanisms to inhibit the growth of competitors. One such mechanism involves type VI secretion systems, which can be used by bacteria to directly inject antibacterial toxins into neighbouring cells. Many of these toxins target cell envelope integrity, but the full range of growth inhibitory mechanisms remains to be determined. Here, we discover a novel type VI secretion effector, Tas1, in the opportunistic pathogen Pseudomonas aeruginosa . A crystal structure of Tas1 reveals similarity to enzymes that synthesize (p)ppGpp, a broadly conserved signaling molecule in bacteria that modulates cell growth rate, particularly in response to nutritional stress. Strikingly, however, we find that Tas1 does not synthesize (p)ppGpp, and instead pyrophosphorylates adenosine nucleotides to produce (p)ppApp at rates of nearly 180,000 per minute. Consequently, delivery of Tas1 into competitor cells drives the rapid accumulation of (p)ppApp, depletion of ATP, and widespread dysregulation of essential metabolic pathways, resulting in target cell death. Collectively, our findings reveal a new mechanism for interbacterial antagonism and demonstrate, for the first time, a physiological role for the metabolite (p)ppApp in bacteria. Support or Funding Information Canadian Institutes of Health Research, David Braley Centre for Antibiotic Discovery, National Institutes of Health, Howard Hughes Medical Institute Structure of the (p)ppApp synthetase toxin Tas1 in complex with its cognate immunity protein, Tis1. Figure 1 Tas1 is a pyrophosphokinase that is specific for canonical 5′‐adenosine nucleotides. Figure 2

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,003
Score d'incertitude au seuil0,010

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,008
Tête enseignante GPT0,217
Écart entre enseignants0,209 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations1
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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