Mapping the relationship between proliferation and morphology in the developing mouse face
Notice bibliographique
Résumé
There is a long‐standing prediction that small changes in proliferation and apoptosis during the time frame of facial morphogenesis act to shape the face. Further, many studies show genetic alterations that cause structural birth defects affect local proliferation or apoptosis. Yet, it is unclear how much of local change in regional proliferation would be necessary to cause a defect. Here, we set out to understand the relationship between growth, morphology and proliferation and test that prediction that targeted proliferation shapes the developing face by quantifying proliferation and apoptosis in 3D and relating it to the growth of the face. We use whole mount staining for proliferation and apoptosis markers, whole tissue clearing methods, lightsheet microscopy and atlas and machine learning based quantification methods to identify individual proliferating or apoptotic nuclei within a 3D tissue structure at a set time point. We also employee geometric morphometric analysis of the same tissue structure to quantify overall morphology. By collecting data at various time points across facial development (E9.5–E11.5) and quantifying the age of each embryo, we are able to relate cell biological level growth to tissue level growth and morphological change and relate these two parameters in a way not performed previously. Support or Funding Information NIH NIDCR R01‐DE019638 to RM and BH, NSERC Discovery to BH, and CIHR Foundation grant to BH and RM, CIHR postdoctoral fellowship to RMG. Atlas based quantification of proliferation: A) Maximum Projection of the embryo highlighting the external morphology ‐ lateral view. B) Proliferation staining (phospho‐Histone H3) ‐ lateral view. C–D) Surface morphology of the atlas (n=5) C ‐ anterior view, D ‐ Lateral view. E–F) Heat map of proliferating cells (no density correction) E ‐ anterior view, F ‐ Lateral view. Figure 1
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».