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Enregistrement W3018020013 · doi:10.1101/2020.04.21.054098

Glycomic analysis of host-response reveals high mannose as a key mediator of influenza severity

2020· preprint· en· W3018020013 sur OpenAlexafffund
Daniel W. Heindel, Sujeethraj Koppolu, Yue Zhang, Brian Kasper, Lawrence Meche, Christopher A. Vaiana, Stephanie J. Bissel, Chalise E. Carter, Alyson A. Kelvin, Bin Zhang, Bin Zhou, Tsui-Wen Chou, Lauren Lashua, Ted M. Ross, Elodie Ghedin, Lara K. Mahal

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGlycosylation and Glycoproteins Research
Établissements canadiensUniversity of AlbertaDalhousie University
Organismes subventionnairesNational Institute of Allergy and Infectious DiseasesCenters for Disease Control and PreventionNational Institutes of HealthCanada Excellence Research Chairs, Government of CanadaUniversity of Georgia
Mots-clésMannan-binding lectinVirusImmunologyBiologyInfluenza A virusImmune systemVirologyInnate immune systemEpitopeGlycobiologyGlycoproteinCollectinGlycanMannosePathogenesisDiseaseLectinMedicineAntigenGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

ABSTRACT Influenza virus infections cause a wide variety of outcomes, from mild disease to 3-5 million cases of severe illness and ~290,000-645,000 deaths annually worldwide. The molecular mechanisms underlying these disparate outcomes are currently unknown. Glycosylation within the human host plays a critical role in influenza virus biology. However, the impact these modifications have on the severity of influenza disease has not been examined. Herein, we profile the glycomic host responses to influenza virus infection as a function of disease severity using a ferret model and our lectin microarray technology. We identify the glycan epitope high mannose as a marker of influenza virus-induced pathogenesis and severity of disease outcome. Induction of high mannose is dependent upon the unfolded protein response (UPR) pathway, a pathway previously shown to associate with lung damage and severity of influenza virus infection. Also, the mannan-binding lectin (MBL2), an innate immune lectin that negatively impacts influenza outcomes, recognizes influenza virus-infected cells in a high mannose dependent manner. Together, our data argue that the high mannose motif is an infection-associated molecular pattern on host cells that may guide immune responses leading to the concomitant damage associated with severity. SIGNIFICANCE Influenza virus infection causes a range of outcomes from mild illness to death. The molecular mechanisms leading to these differential host responses are currently unknown. Herein, we identify the induction of high mannose, a glycan epitope, as a key mediator of severe disease outcome. We propose a mechanism in which activation of the unfolded protein response (UPR) upon influenza virus infection turns on expression of high mannose, which is then recognized by the innate immune lectin MBL2, activating the complement cascade and leading to subsequent inflammation. This work is the first to systematically study host glycomic changes in response to influenza virus infection, identifying high mannose as a key feature of differential host response.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,002

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,015
Tête enseignante GPT0,270
Écart entre enseignants0,255 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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