Genomic Data Sharing for Novel Mendelian Disease Gene Discovery: The Matchmaker Exchange
Notice bibliographique
Résumé
In the last decade, exome and/or genome sequencing has become a common test in the diagnosis of individuals with features of a rare Mendelian disorder. Despite its success, this test leaves the majority of tested individuals undiagnosed. This review describes the Matchmaker Exchange (MME), a federated network established to facilitate the solving of undiagnosed rare-disease cases through data sharing. MME supports genomic matchmaking, the act of connecting two or more parties looking for cases with similar phenotypes and variants in the same candidate genes. An application programming interface currently connects six matchmaker nodes—the Database of Chromosomal Imbalance and Phenotype in Humans Using Ensembl Resources (DECIPHER), GeneMatcher, PhenomeCentral, seqr, MyGene2, and the Initiative on Rare and Undiagnosed Diseases (IRUD) Exchange—resulting in a collective data set spanning more than 150,000 cases from more than 11,000 contributors in 88 countries. Here, we describe the successes and challenges of MME, its individual matchmaking nodes, plans for growing the network, and considerations for future directions.
Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.
Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,005 | 0,006 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,003 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,002 | 0,005 |
| Science ouverte | 0,002 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,004 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,006 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».