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Enregistrement W3018887432 · doi:10.1093/rheumatology/kez382

Associations of clinical and inflammatory biomarker clusters with juvenile idiopathic arthritis categories

2019· article· en· W3018887432 sur OpenAlexafffundabout
Elham Rezaei, Daniel J. Hogan, Brett Trost, Anthony Kusalik, Gilles Boire, David A. Cabral, Sarah Campillo, Gaëlle Chédeville, Anne-Laure Chetaille, Paul Dancey, Ciarán M. Duffy, Karen Watanabe Duffy, Simon Eng, John Gordon, Jaime Guzmán, Kristin Houghton, Adam M. Huber, Roman Juřenčák, Bianca Lang, Ronald M. Laxer, Kimberly Morishita, Kiem Oen, Ross E. Petty, Suzanne Ramsey, Stephen W. Scherer, Rosie Scuccimarri, Lynn Spiegel, Elizabeth Stringer, Regina M. Taylor‐Gjevre, Shirley M. L. Tse, Lori B. Tucker, Stuart E. Turvey, Susan Tupper, Richard F. Wintle, Rae S. M. Yeung, Alan Rosenberg

Notice bibliographique

RevueLara D. Veeken · 2019
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAutoimmune and Inflammatory Disorders Research
Établissements canadiensOntario GenomicsUniversity of ManitobaUniversity of SaskatchewanHospital for Sick ChildrenChildren's Hospital of Eastern OntarioDalhousie UniversityUniversité de SherbrookeUniversity of TorontoBC Children's HospitalIzaak Walton Killam Health CentreCentre hospitalier universitaire de QuébecJaneway Children's Health and Rehabilitation CentreMcGill University Health Centre
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchCanadian Arthritis NetworkArthritis SocietyUniversity of SaskatchewanUniversity of British ColumbiaMcGill University
Mots-clésMedicineBiomarkerPrincipal component analysisArthritisContingency tableCluster (spacecraft)Internal medicineArtificial intelligenceStatisticsMathematicsComputer science

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

OBJECTIVE: To identify discrete clusters comprising clinical features and inflammatory biomarkers in children with JIA and to determine cluster alignment with JIA categories. METHODS: A Canadian prospective inception cohort comprising 150 children with JIA was evaluated at baseline (visit 1) and after six months (visit 2). Data included clinical manifestations and inflammation-related biomarkers. Probabilistic principal component analysis identified sets of composite variables, or principal components, from 191 original variables. To discern new clinical-biomarker clusters (clusters), Gaussian mixture models were fit to the data. Newly-defined clusters and JIA categories were compared. Agreement between the two was assessed using Kruskal-Wallis analyses and contingency plots. RESULTS: Three principal components recovered 35% (three clusters) and 40% (five clusters) of the variance in patient profiles in visits 1 and 2, respectively. None of the clusters aligned precisely with any of the seven JIA categories but rather spanned multiple categories. Results demonstrated that the newly defined clinical-biomarker lustres are more homogeneous than JIA categories. CONCLUSION: Applying unsupervised data mining to clinical and inflammatory biomarker data discerns discrete clusters that intersect multiple JIA categories. Results suggest that certain groups of patients within different JIA categories are more aligned pathobiologically than their separate clinical categorizations suggest. Applying data mining analyses to complex datasets can generate insights into JIA pathogenesis and could contribute to biologically based refinements in JIA classification.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,009
Score d'incertitude au seuil0,402

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0010,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,027
Tête enseignante GPT0,312
Écart entre enseignants0,284 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations16
Publié2019
Routes d'admission3
Résumé présentoui

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