Water Networks and Allosteric Scaffolds ‐ What Does Water Have to do with Protein Dynamics?
Notice bibliographique
Résumé
The thermophilic enzyme Fluoroacetate Dehalogenase (FAcD) has been well characterized by crystallography and NMR. FAcD (RPA1163) is a homodimer alpha/beta hydrolase that breaks down haloacetates (including fluoroacetate, iodoacetate, and chloroacetate) into glycolate and a halogen ion. FAcD achieves this by half‐of‐sites activity, where the homodimer adopts a rare asymmetric state that is primed to capture substrate which must then diffuse along an 11 Å cavity before engaging the active site and adopting the Michaelis intermediate. This triggers release of ~30 bound water molecules, thereby entropically favouring the forward reaction. FAcD is thus an ideal model system to pursue paradigm shifting questions regarding allostery, interprotomer communication, and the role of hydrogen bonded water networks in catalysis ‐ all from an ensemble perspective. Here we examine how deuterium water (D 2 O) changes the dynamic and allosteric mechanisms of this system. Compared to water, D 2 O results in an increase in viscosity and has stronger hydrogen bonds. Through 19F NMR kinetic experiments we determine that despite the higher viscosity enzyme activity is increased in the D 2 O environment. Additionally, 19F NMR experiments reveal increased dynamics in D 2 O. This provides key insight into discrete hydrogen‐bonded water networks that are key to stabilization of allosteric processes associated with the reaction coordinate. Support or Funding Information Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC)
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».