Validation of a Laboratory-Developed Triplex Molecular Assay for Simultaneous Detection of Gastrointestinal Adenovirus and Rotavirus in Stool Specimens
Notice bibliographique
Résumé
Enteric viral pathogens causing gastroenteritis include adenovirus and rotavirus, among others. Rotavirus is the leading cause of severe diarrhea in infants and young children worldwide. Among the adenoviruses known to cause gastroenteritis are those of species F (serotypes 40, 41). Here, we describe the development and validation of a laboratory-developed gastrointestinal triplex rRT-PCR (triplex) assay that targets adenovirus and rotavirus. Stool specimens were tested from patients across Ontario. Specimens were previously tested for adenovirus and/or rotavirus by electron microscopy (EM) or immunochromatographic test (ICT). Triplex sensitivity, specificity, positive and negative predictive values compared to Seegene assay (a commercial assay used here as the standard reference method) were 100%, 97.8%, 86.0%, 100% for adenovirus, and 99.1%, 98.4%, 96.3%. 99.6% for rotavirus, respectively. The triplex assay had a 95.2% and 97.3% overall percent agreements (OPAs) when compared to EM for adenovirus or rotavirus detection, respectively, and an OPA of 90.9% when compared to rotavirus ICT for rotavirus detection. Triplex assay exhibited similar performance to the Seegene assay for both adenovirus and rotavirus and detected more adenovirus and rotavirus than traditional testing methods. The high performance along with lower cost and reduced turnaround time makes the triplex assay a desirable testing method for a clinical microbiology laboratory.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».