Transcriptional responses in newly-hatched Japanese medaka (Oryzias latipes) associated with developmental malformations following diluted bitumen exposure
Notice bibliographique
Résumé
Japanese medaka embryos were exposed to water accommodated fractions (WAF) and chemically-enhanced WAF of two types of diluted bitumen (dilbit) at concentrations bracketing the EC50s for developmental malformations. Within these treatments, fish were grouped based on the presence or absence of developmental malformations (e.g., blue sac disease (BSD)), and analyzed for novel transcriptomic responses. Microarray analyses identified novel biomarkers and gene networks in dilbit-exposed malformed embryos that were not evident in dilbit-exposed fish without BSD or in controls without dilbit. The top differentially expressed genes (DEGs) included cytochrome P450 transcripts (cyp1) in fish from all dilbit treatments (malformed and non-malformed fish), as well as: fibroblast growth factor (fgf7), AHR repressor (ahrr), and squalene monooxygenase (sqle). In dilbit-exposed fish that did not develop BSD, the only reported individual DEG was eukaryotic translation initiation factor 3 subunit D (eif3d). However, a number of other pathways were enriched, including melatonin effects on circadian clock and the antioxidant response, estrogen and androgen metabolism as well as many receptor signaling pathways. Pathways associated with hedgehog, steroid biosynthesis, and Wnt signaling were significantly altered between low and high concentrations of dilbit exposure. An effect of the dispersant control on swim bladder development was observed at concentrations 10-fold higher than those used to disperse dilbit, and a number of gene targets unique to fish in this comparison were affected. This suggests that the toxic effects of dispersant may involve alternative mechanisms to dilbit, but cause similar phenotypic responses. This study identified novel biomarkers in fish exposed to dilbit, with or without visual malformations, that can be used to assess the risks of dilbit to aquatic ecosystem health.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».