P644 Analyzing the genomes of<i>neisseria gonorrhoeae</i>isolates using a novel integrated bioinformatic pipeline: Gen2Epi
Notice bibliographique
Résumé
Background Whole genome sequencing (WGS) is a high-resolution approach for tracking the transmission and antimicrobial susceptibility (AMS) of Neisseria gonorrhoeae (Ng). Multiple bioinformatics tools currently used for the analysis of WGS data for Ng complicate their application in clinical settings. We determined the genomic epidemiology and AMS of Ng from Saskatchewan (SK) using our integrated pipeline, Gen2Epi, previously validated on 1484 publicly available Ng genome datasets. Methods WGS was performed on 99 Ng isolates (2017–2018) from SK submitted to the Roy Romanow Provincial Laboratory. Genomic DNA was isolated using the DNAeasy mini kit (QIAGEN) and sequenced using MiSeq (Illumina). MICs were determined by agar dilution. Gen2Epi includes read assembly, scaffolding, strain typing (ST) by MLST and NG-MAST, plasmid identification, and, identification of mutations in antibiotic resistance genes by NG-STAR. Results Nine MLST/NG-MAST/NG-STAR (M/M/S) STs comprised 75.6% (75/99) of the isolates; other M/M/S STs (24.3%, 24/99) comprised single isolates. M/M/S ST 1901/10451/90 predominated (21.3%, 21/99), carrying mosaic penA type 34.001 and mutations in mtrR/porB/ponA/gyrA/parC. These isolates were chromosomally resistant to penicillin (38%, 8/21), tetracycline (95.2%, 20/21), and ciprofloxacin (90%, 19/21); they were susceptible to ceftriaxone and 38% (8/21) had cefixime MICs of 0.125 mg/L. The second-most prevalent ST was 1584/7638/160 (18/99); most of these isolates (16/18) were susceptible to all antibiotics. Overall, 57.6% (57/99) of the isolates were tetracycline resistant; 29.8% (17/57) of these were from Regina and carried a tetM gene (M/M/S ST 12462/5985/42). One sporadic isolate was azithromycin resistant (23S rRNA-A2059G), carried tetM and was M/M/S ST 7822/304/515. Conclusion Gen2Epi is a one-stop pipeline that both assembles and annotates raw reads and simplifies the analysis of transmission markers and AMS in Ng. We showed the emergence of M/M/S ST 1901/10451/90 as the predominant ST in SK. NG-MAST ST 10451 is similar (≤2bp) to ST 1407 which is implicated in reduced susceptibility to cefixime. Disclosure No significant relationships.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,002 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,000 |
| Communication savante | 0,002 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,002 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,005 | 0,004 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».