Characterization of an α-glucosidase enzyme conserved in <i>Gardnerella</i> spp. isolated from the human vaginal microbiome
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Gardnerella spp. in the vaginal microbiome are associated with bacterial vaginosis, a dysbiosis in which a lactobacilli dominant microbial community is replaced with mixed aerobic and anaerobic bacteria including Gardnerella species. The co-occurrence of multiple Gardnerella species in the vaginal environment is common, but different species are dominant in different women. Competition for nutrients, particularly glycogen present in the vaginal environment, could play an important role in determining the microbial community structure. Digestion of glycogen into products that can be taken up and further processed by bacteria requires the combined activities of several enzymes collectively known as amylases, which belong to glycoside hydrolase family 13 (GH13) within the CAZy classification system. GH13 is a large and diverse family of proteins, making prediction of their activities challenging. SACCHARIS annotation of the GH13 family in Gardnerella resulted in identification of protein domains belonging to eight subfamilies. Phylogenetic analysis of predicted amylase sequences from 26 Gardnerella genomes demonstrated that a putative α-glucosidase-encoding sequence, CG400_06090, was conserved in all species in the genus. The predicted α-glucosidase enzyme was expressed, purified and functionally characterized. The enzyme was active on a variety of maltooligosaccharides over a broad pH range (4.0 - 8) with maximum activity at pH 7. The K m , k cat and k cat /K m values for the substrate 4-nitrophenyl α-D-glucopyranoside were 8.3 μM, 0.96 min -1 and 0.11 μM -1 min -1 respectively. Glucose was released from maltose, maltotriose, maltotetraose and maltopentaose, but no products were detected on thin layer chromatography when the enzyme was incubated with glycogen. Our findings show that Gardnerella spp. produce an α-glucosidase enzyme that may contribute to the complex and multistep process of glycogen metabolism by releasing glucose from maltooligosaccharides.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».