A Validated Real-Time PCR Method for the Specific Identification of Probiotic Strain <i>Lactobacillus rhamnosus</i> GG (ATCC 53103)
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Strain Lactobacillus rhamnosus GG is one of the best-studied and most widely used probiotic strains, with various health benefits. Because probiotic health benefits and safety are strain specific, the availability of a reliable assay for specific identification of Lactobacillus rhamnosus GG is vital to ensure probiotic efficacy. OBJECTIVE: To design and validate a probe-based real-time PCR assay for specific identification of strain Lactobacillus rhamnosus GG. METHOD: Rapid Annotation using Subsystem Technology (RAST) was used to find a unique sequence region in the genome of Lactobacillus rhamnosus GG. A probe-based assay was designed and evaluated for specificity, sensitivity, efficiency, repeatability, and reproducibility. RESULTS: RAST identified a unique gene coding for a hypothetical protein in the genome of Lactobacillus rhamnosus GG. The assay successfully amplified all 22 target samples and did not amplify any of the 28 non-target strains, achieving 100% true positive and 0% false positive results. The Limit of Detection (LOD) was determined to be 0.001 ng. Reaction efficiency values, from three dilution series, were 96.4%, 93.3%, and 96.8% with R square values of 0.9974, 0.9981, and 0.9998, respectively. Relative standard deviation (RSD, %) of repeatability was below 1% and RSD of reproducibility was below 4%. CONCLUSIONS: This Lactobacillus rhamnosus GG specific assay proved to be specific, sensitive, efficient, and reproducible. Since the assay was evaluated on two real-time PCR platforms, including a portable one, the assay can be used for onsite testing throughout the supply chain. HIGHLIGHTS: The availability of validated and reliable assays for strain-specific identification plays a vital role in achieving compliance in probiotic products.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».