A Validated Real-Time PCR Method for the Specific Identification of Probiotic Strain <i>Lactobacillus rhamnosus</i> GG (ATCC 53103)
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Strain Lactobacillus rhamnosus GG is one of the best-studied and most widely used probiotic strains, with various health benefits. Because probiotic health benefits and safety are strain specific, the availability of a reliable assay for specific identification of Lactobacillus rhamnosus GG is vital to ensure probiotic efficacy. OBJECTIVE: To design and validate a probe-based real-time PCR assay for specific identification of strain Lactobacillus rhamnosus GG. METHOD: Rapid Annotation using Subsystem Technology (RAST) was used to find a unique sequence region in the genome of Lactobacillus rhamnosus GG. A probe-based assay was designed and evaluated for specificity, sensitivity, efficiency, repeatability, and reproducibility. RESULTS: RAST identified a unique gene coding for a hypothetical protein in the genome of Lactobacillus rhamnosus GG. The assay successfully amplified all 22 target samples and did not amplify any of the 28 non-target strains, achieving 100% true positive and 0% false positive results. The Limit of Detection (LOD) was determined to be 0.001 ng. Reaction efficiency values, from three dilution series, were 96.4%, 93.3%, and 96.8% with R square values of 0.9974, 0.9981, and 0.9998, respectively. Relative standard deviation (RSD, %) of repeatability was below 1% and RSD of reproducibility was below 4%. CONCLUSIONS: This Lactobacillus rhamnosus GG specific assay proved to be specific, sensitive, efficient, and reproducible. Since the assay was evaluated on two real-time PCR platforms, including a portable one, the assay can be used for onsite testing throughout the supply chain. HIGHLIGHTS: The availability of validated and reliable assays for strain-specific identification plays a vital role in achieving compliance in probiotic products.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,003 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,002 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».