Reconsidering proteomic diversity with functional investigation of small ORFs and alternative ORFs
Pourquoi ce travail est dans la base
Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.
Notice bibliographique
Résumé
The discovery of functional yet non-annotated open reading frames (ORFs) throughout the genome of several species presents an unprecedented challenge in current genome annotation. These novel ORFs are shorter than annotated ones and many can be found on the same RNA, in opposition to current assumptions in annotation methodologies. Whilst the literature lacks consensus, these novel ORFs are commonly referred to as small ORFs (sORFs) or alternative ORFs (alt-ORFs). Unannotated ORFs represent an overlooked layer of complexity in the coding potential of genomes and are transforming our current vision of the nature of coding genes. In this review, we outline what constitutes a sORF or an alt-ORF and emphasize differences between both nomenclatures. We then describe complementary large-scale methods to accurately discover novel ORFs as well as yield functional insights on the novel proteins they encode. While serendipitous discoveries highlighted the functional importance of some novel ORFs, omics methods facilitate and improve their characterization to better understand physiological and pathological pathways. Functional annotation of sORFs, alt-ORFs and their corresponding microproteins will likely help fundamental and clinical research.
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Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle