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Enregistrement W3023492262 · doi:10.1101/2020.05.03.074682

Regulated compartmentalization of enzymes in Golgi by GRASP55 controls cellular glycosphingolipid profile and function

2020· preprint· en· W3023492262 sur OpenAlexfundno aff
Prathyush Pothukuchi, Ilenia Agliarulo, Marinella Pirozzi, Riccardo Rizzo, Domenico Russo, Gabriele Turacchio, Julian Nüchel, Jia‐Shu Yang, Charlotte Gehin, Laura Capolupo, María José Hernandez‐Corbacho, Ansuman Biswas, Giovanna Vanacore, Nina Dathan, Takahiro Nitta, Petra Henklein, Mukund Thattai, Jin‐ichi Inokuchi, Victor W. Hsu, Markus Plomann, Lina M. Obeid, Yusuf A. Hannun, Alberto Luini, Giovanni D’Angelo, Seetharaman Parashuraman

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCellular transport and secretion
Établissements canadiensnon disponible
Organismes subventionnairesInstitute of GeneticsFondazione per la Ricerca sulla Fibrosi CisticaAssociazione Italiana per la Ricerca sul CancroÉcole Polytechnique Fédérale de LausanneFondazione Italiana per la Ricerca sul CancroStiftelsen Kristian Gerhard JebsenSchweizerischer Nationalfonds zur Förderung der Wissenschaftlichen ForschungNational Science Foundation
Mots-clésGolgi apparatusGlycosphingolipidGlycosylationCell biologyGlycanCompartmentalization (fire protection)BiochemistryBiologySphingolipidEndoplasmic reticulumSecretory pathwayEnzymeGlycoprotein

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract Glycans are important regulators of cell and organismal physiology. This requires that the glycan biosynthesis be controlled to achieve specific cellular glycan profiles. Glycans are assembled in the Golgi apparatus on secretory cargoes that traverse it. The mechanisms by which the Golgi apparatus ensures cell- and cargo-specific glycosylation remain obscure. We investigated how the Golgi apparatus regulates glycosylation by studying biosynthesis of glycosphingolipids, glycosylated lipids with critical roles in signalling and differentiation. We identified the Golgi matrix protein GRASP55 as a controller of sphingolipid glycosylation by regulating the compartmentalized localization of key sphingolipid biosynthetic enzymes in the Golgi. GRASP55 controls the localization of the enzymes by binding to them and regulating their entry into peri-Golgi vesicles. Impairing GRASP55-enzyme interaction decompartmentalizes these enzymes, changes the substrate flux across competing glycosylation pathways that results in alteration of the cellular glycosphingolipid profile. This GRASP55 regulated pathway of enzyme compartmentalization allows cells to make cell density-dependent adaptations in glycosphingolipid biosynthesis to suit cell growth needs. Thus, the Golgi apparatus controls the cellular glycan (glycosphingolipid) profile by governing competition between biosynthetic reactions through regulated changes in enzyme compartmentalization.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,005

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,007
Tête enseignante GPT0,190
Écart entre enseignants0,182 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations4
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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