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Enregistrement W3024162587 · doi:10.1109/tbme.2020.2993278

Optimizing Survival Analysis of XGBoost for Ties to Predict Disease Progression of Breast Cancer

2020· article· en· W3024162587 sur OpenAlex

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.

Notice bibliographique

RevueIEEE Transactions on Biomedical Engineering · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineComputer Science
ThématiqueAI in cancer detection
Établissements canadiensUniversity of Guelph
Organismes subventionnairesnon disponible
Mots-clésBreast cancerOncologyMedicineInternal medicineDiseaseSurvival analysisCancer

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

OBJECTIVE: Some excellent prognostic models based on survival analysis methods for breast cancer have been proposed and extensively validated, which provide an essential means for clinical diagnosis and treatment to improve patient survival. To analyze clinical and follow-up data of 12119 breast cancer patients, derived from the Clinical Research Center for Breast (CRCB) in West China Hospital of Sichuan University, we developed a gradient boosting algorithm, called EXSA, by optimizing survival analysis of XGBoost framework for ties to predict the disease progression of breast cancer. METHODS: EXSA is based on the XGBoost framework in machine learning and the Cox proportional hazards model in survival analysis. By taking Efron approximation of partial likelihood function as a learning objective for ties, EXSA derives gradient formulas of a more precise approximation. It optimizes and enhances the ability of XGBoost for survival data with ties. After retaining 4575 patients (3202 cases for training, 1373 cases for test), we exploit the developed EXSA method to build an excellent prognostic model to estimate disease progress. Risk score of disease progress is evaluated by the model, and the risk grouping and continuous functions between risk scores and disease progress rate at 5- and 10-year are also demonstrated. RESULTS: Experimental results on test set show that the EXSA method achieves competitive performance with concordance index of 0.83454, 5-year and 10-year AUC of 0.83851 and 0.78155, respectively. CONCLUSION: The proposed EXSA method can be utilized as an effective method for survival analysis. SIGNIFICANCE: The proposed method in this paper can provide an important means for follow-up data of breast cancer or other disease research.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Simulation ou modélisation · Signal consensuel: Simulation ou modélisation
GenreSignal candidat: Méthodes · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,969
Score d'incertitude au seuil0,461

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,002
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,016
Tête enseignante GPT0,264
Écart entre enseignants0,248 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle