CpG Methylation in<i>TGFβ1</i>and<i>IL-6</i>Genes as Surrogate Biomarkers for Diagnosis of IBD in Children
Notice bibliographique
Résumé
BACKGROUND: Diagnostic markers for distinguishing between Crohn disease (CD) and ulcerative colitis (UC) remain elusive. We studied whether methylation marks across the promoters of the transforming growth factor beta 1 (TGFβ1) and interleukin-6 genes have diagnostic utility. METHODS: A case-control study was carried out. Cases were treatment-naïve, diagnosed before age 20, and recruited from 3 pediatric gastroenterology clinics across Canada. Control patients did not have inflammatory bowel disease and were recruited from orthopedic clinics within the same hospitals as the gastroenterology clinics. Patient DNA from peripheral blood was processed to identify methylation sites (CpG) across the promoter regions of the TGFβ1 and interleukin-6 genes. After initial nonparametric univariate analyses, multivariate logistic regression models were fit. Models with the best fit (Akaike information criteria) and strongest discriminatory capabilities (area under the curve [AUC]) were identified, and P values were adjusted for multiple comparisons using the false discovery rate method. RESULTS: A total of 67 CD, 31 UC, and 43 control patients were included. The age distribution of the 3 groups was similar. Most CD patients had ileocolonic disease (44.8%) and inflammatory disease (88.1%). Most UC patients had extensive (71%) and moderate disease (51.6%). Logistic regression analysis revealed the following: 14 TGFβ1 CpG sites discriminated between CD and control patients (AUC = 0.94), 9 TGFβ1 CpG sites discriminated between UC and control patients (AUC = 0.99), 3 TGFβ1 CpG sites discriminated between CD and UC (AUC = 0.81), and 6 TGFβ1 CpG sites distinguished colonic CD from UC (AUC = 0.91). CONCLUSIONS: We found that CpG methylation in the promoter of the TGFβ1 gene has high discriminative power for identifying CD and UC and could serve as an important diagnostic marker.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».