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Enregistrement W3024493591 · doi:10.1101/2020.05.14.097006

Pattern- based Contractility Screening (PaCS), a reference-free traction force microscopy methodology, reveals contractile differences in breast cancer cells

2020· preprint· en· W3024493591 sur OpenAlexafffund
Ajinkya Ghagre, Ali Amini, Luv Kishore Srivastava, Pouria Tirgar, Adele Khavari, Newsha Koushki, Allen J. Ehrlicher

Notice bibliographique

RevuebioRxiv (Cold Spring Harbor Laboratory) · 2020
Typepreprint
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCellular Mechanics and Interactions
Établissements canadiensMcGill University
Organismes subventionnairesCanadian Institutes of Health ResearchProstate Cancer CanadaNatural Sciences and Engineering Research Council of CanadaCanada Research ChairsMcGill University
Mots-clésContractilityBiomedical engineeringHuman breastNanotechnologyMechanobiologyMicroscopyTraction (geology)Materials scienceComputer scienceBiological systemCancer cellCell biologyPathologyBiologyMedicineCancerEngineeringMechanical engineering

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Abstract The sensing and generation of cellular forces are essential aspects of life. Traction Force Microscopy (TFM) has emerged as a standard broadly applicable methodology to measure cell contractility and its role in cell behavior. While TFM platforms have enabled diverse discoveries, their implementation remains limited in part due to various constraints, such as time-consuming substrate fabrication techniques, the need to detach cells to measure null force images, followed by complex imaging and analysis, and the unavailability of cells for post-processing. Here we introduce a reference-free technique to measure cell contractile work in real-time, with basic substrate fabrication methodologies, simple imaging, and analysis with the availability of the cells for post-processing. In this technique, we confine the cells on fluorescent adhesive protein micropatterns of a known area on compliant silicone substrates and use the cell deformed pattern area to calculate cell contractile work. We validated this approach by comparing this Pattern-based Contractility Screening (PaCS) to conventional bead-displacement TFM and show quantitative agreement between the methodologies. Using this platform, we measure the contractile work of highly metastatic MDA-MB-231 breast cancer cells is significantly higher than non-invasive MCF-7 cells. PaCS enables the broader implementation of contractile work measurements in diverse quantitative biology and biomedical applications.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: Expérimental (laboratoire)
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,001
Score d'incertitude au seuil0,004

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,044
Tête enseignante GPT0,281
Écart entre enseignants0,236 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations0
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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