MétaCan
Menu
Retour à la cohorte
Enregistrement W3024661003 · doi:10.1136/jmedgenet-2019-106508

<i>De novo</i> mutations in the X-linked <i>TFE3</i> gene cause intellectual disability with pigmentary mosaicism and storage disorder-like features

2020· article· en· W3024661003 sur OpenAlexaff
Daphné Lehalle, P. Vabres, Arthur Sorlin, Tatjana Bierhals, Magali Avila, Virginie Carmignac, Martin Chevarin, Erin Torti, Yuichi Abe, Tobias Bartolomaeus, Jill Clayton‐Smith, Benjamin Cogné, Ivon Cuscó, Laurence Duplomb, Eveline de Bont, Yannis Duffourd, Floor A.M. Duijkers, Orly Elpeleg, Aviva Fattal, David Geneviève, María J. Guillen Sacoto, Anne Guimier, David J. Harris, Maja Hempel, Bertrand Isidor, Thibaud Jouan, Paul Kuentz, Eriko Koshimizu, Klaske D. Lichtenbelt, Valerie Loik Ramey, Miriam Maik, Sakoto Miyakate, Yoshiko Murakami, Laurent Pasquier, Hélio Pedro, Laurie Simone, Krista Sondergaard-Schatz, Judith St‐Onge, Julien Thévenon, Irene Valenzuela, Rami Abou Jamra, Koen L.I. van Gassen, Mieke M. van Haelst, Silvana van Koningsbruggen, Edgard Verdura, Christa W. Habela, Pia Zacher, Jean‐Baptiste Rivière, Christel Thauvin‐Robinet, Joerg Betschinger, Laurence Faivre

Notice bibliographique

RevueJournal of Medical Genetics · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueGenetic and rare skin diseases.
Établissements canadiensMcGill University Health CentreEmployment and Social Development Canada
Organismes subventionnairesConseil régional de Bourgogne-Franche-ComtéAgence Nationale de la RechercheEuropean Commission
Mots-clésBiologyExome sequencingGeneticsMissense mutationExonTFE3Intellectual disabilityPhenotypeMutationGenetic heterogeneityGeneTranscription factor

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Introduction Pigmentary mosaicism (PM) manifests by pigmentation anomalies along Blaschko’s lines and represents a clue toward the molecular diagnosis of syndromic intellectual disability (ID). Together with new insights on the role for lysosomal signalling in embryonic stem cell differentiation, mutations in the X-linked transcription factor 3 ( TFE3 ) have recently been reported in five patients. Functional analysis suggested these mutations to result in ectopic nuclear gain of functions. Materials and methods Subsequent data sharing allowed the clustering of de novo TFE3 variants identified by exome sequencing on DNA extracted from leucocytes in patients referred for syndromic ID with or without PM. Results We describe the detailed clinical and molecular data of 17 individuals harbouring a de novo TFE3 variant, including the patients that initially allowed reporting TFE3 as a new disease-causing gene. The 12 females and 5 males presented with pigmentation anomalies on Blaschko’s lines, severe ID, epilepsy, storage disorder-like features, growth retardation and recognisable facial dysmorphism. The variant was at a mosaic state in at least two male patients. All variants were missense except one splice variant. Eleven of the 13 variants were localised in exon 4, 2 in exon 3, and 3 were recurrent variants. Conclusion This series further delineates the specific storage disorder-like phenotype with PM ascribed to de novo TFE3 mutation in exons 3 and 4. It confirms the identification of a novel X-linked human condition associated with mosaicism and dysregulation within the mechanistic target of rapamycin (mTOR) pathway, as well as a link between lysosomal signalling and human development.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,000
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Observationnel · Signal consensuel: Observationnel
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,157
Score d'incertitude au seuil0,400

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,011
Tête enseignante GPT0,254
Écart entre enseignants0,244 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeObservationnel
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations16
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

Explorer davantage

Même revueJournal of Medical GeneticsMême sujetGenetic and rare skin diseases.Travaux en français237 207