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Enregistrement W3025373602 · doi:10.1038/s41523-020-0155-1

Application of a risk-management framework for integration of stromal tumor-infiltrating lymphocytes in clinical trials

2020· review· en· W3025373602 sur OpenAlexaff
Jan Hudeček, Leonie Voorwerk, Maartje van Seijen, Iris Nederlof, Michiel de Maaker, José van den Berg, Koen Van de Vijver, Karolina Sikorska, Sylvia Adams, Sandra Demaria, Giuseppe Viale, Torsten O. Nielsen, Sunil Badve, Stefan Michiels, W. Fraser Symmans, Christos Sotiriou, David L. Rimm, Stephen M. Hewitt, Carsten Denkert, Sibylle Loibl, Sherene Loi, Giancarlo Pruneri, Deborah Dillon, Maggie C.U. Cheang, Andrew Tutt, Jacqueline A. Hall, Zuzana Kos, Roberto Salgado, Marleen Kok, Hugo M. Horlings, Aini Hyytiäinen, Akira I. Hida, Alastair Thompson, Alexis Lefevre, Alexander J. Lazar, Allen M. Gown, Anna Sapino, Anant Madabhushi, André Moreira, Andrea S. Richardson, Andrea Vingiani, Andrew H. Beck, Andrew M. Bellizzi, Ángel Guerrero, Anita Grigoriadis, Anna Ehinger, Ana C. Garrido-Castro, Anne Vincent-Salomon, Anne‐Vibeke Lænkholm, Ashish Sharma, Ashley Cimino‐Mathews, Ashok Srinivasan, Balázs Ács, Baljit Singh, Benjamin C. Calhoun, Benjamin Haibe-Kans, Benjamin Solomon, Bibhusal Thapa, Brad H. Nelson, Brandon D. Gallas, Carlos Castaneda, Carmen Ballesteros‐Merino, Carmen Criscitiello, Carolien Boeckx, Cécile Colpaert, Cecily Quinn, Chakra S. Chennubhotla, Charles Swanton, Cinzia Solinas, Crispin T. Hiley, Damien Drubay, Daniel Bethmann, David A. Moore, Denis Larsimont, Dhanusha Sabanathan, Dieter Peeters, Dimitrios Zardavas, Doris Höflmayer, Douglas B. Johnson, E. Aubrey Thompson, Edi Brogi, Edith A. Perez, Ehab A. ElGabry, Elisabeth Specht Stovgaard, Elizabeth F. Blackley, Elvire Roblin, Emily Reisenbichler, Enrique Bellolio, Eva Balslev, Ewa Chmielik, Fabien Gaire, Fabrice André, Fang‐I Lu, Farid Azmoudeh Ardalan, Federico Rojo, Tina Gruosso, Francesco Ciompi, Franklin Peale, Fred R. Hirsch, Frederick Klauschen, Frédérique Penault‐Llorca, Gabriela Acosta Haab, Gelareh Farshid, Gert Van den Eynden, Giuseppe Curigliano, Giuseppe Floris, Glenn Broeckx, Harmut Koeppen, Harry R. Haynes, Heather L. McArthur, Heikki Joensuu, Helena Olofsson, Huang‐Chun Lien, I‐Chun Chen, Ian A. Cree, Isabel Frahm, Iva Brčić, Jack Junjie Chan, James Ziai, Jane Brock, Jelle Wesseling, Jennifer M. Giltnane, Jennifer K. Kerner, Jeppe Thagaard, Jeremy Braybrooke, Jeroen van der Laak, Jérôme Lemonnier, Jiping Zha, Joana Ribeiro, Jochen K. Lennerz, Jodi M. Carter, Joel Saltz, Johan Hartman, Johannes A. Hainfellner, John Le Quesne, Jonathon W. Juco, Jorge S. Reis‐Filho, Joselyn Sanchez, Joseph A. Sparano, Joël Cucherousset, Juan Carlos Araya, Julien Adam, Justin M. Balko, Kai Saeger, Kalliopi P. Siziopikou, Karen Willard‐Gallo, Karsten E. Weber, Katherine L. Pogue–Geile, Keith E. Steele, Kenneth Emancipator, Khalid AbdulJabbar, Khalid El Bairi, Kim Blenman, Kimberly H. Allison, Konstanty Korski, Lajos Pusztai, Laura Comerma, Laurence Buisseret, Lee Cooper, Leming Shi, Loes Kooreman, Luciana Molinero, Mónica V. Estrada, Magali Lacroix‐Triki, Maise Al Bakir, Manu Sebastian, Marc J. van de Vijver, Marcelo Luiz Balancin, Maria Vittoria Dieci, Marie‐Christine Mathieu, Marlon C. Rebelatto, Martine Piccart, Matthew G. Hanna, Matthew P. Goetz, Matthias Preusser, Mehrnoush Khojasteh, Melinda E. Sanders, Meredith M. Regan, Michael Barnes, Michael Christie, Michael J. Misialek, Michail Ignatiadis, Mieke Van Bockstal, Miluska Castillo, Mohamed Amgad, Nadia Harbeck, Nadine Tung, Nele Laudus, Nicolas Sirtaine, Nicole Burchardi, Nils Ternès, Nina Radosevic‐Robin, Oleg Gluz, Oliver Grimm, Paolo Nucíforo, Paul Jank, Paula I. González-Ericsson, Pawan Kirtani, Petar Jelinic, Peter H. Watson, Peter Savas, Prudence A. Francis, Prudence A. Russell, Rim S. Kim, Robert H. Pierce, Robert K. Hills, Roberto A. Leon‐Ferre, Roland de Wind, Ruohong Shui, Sabine De Clercq, Sam Leung, Sami Tabbarah, Sandra C. Souza, Sandra A. O’Toole, Sandra M. Swain, Sarah Dudgeon, Scooter Willis, Scott Ely, Seong-Rim Kim, Shahinaz Bedri, Sheeba Irshad, Shiwei Liu, Shom Goel, Shona Hendry, Simonetta Bianchi, Sofia Bragança, Soonmyung Paik, Stephan Wienert, Stephen B. Fox, Stephen J. Luen, Stephen P. Naber, Stuart J. Schnitt, Luz F. Sua, Sunil R. Lakhani, Susan Fineberg, Teresa Soler, Thomas Gevaert, Timothy M. D’Alfonso, Tomohagu Sugie, Uday Kurkure, Veerle Bossuyt, Venkata Manem, Vincente Peg Cámara, Weida Tong, Weijie Chen, Wentao Yang, William T. Tran, Yihong Wang, Yinyin Yuan, Yves Allory, Zaheed Husain, Zsuzsanna Bagó-Horváth

Notice bibliographique

Revuenpj Breast Cancer · 2020
Typereview
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueCancer Immunotherapy and Biomarkers
Établissements canadiensHealth Sciences CentreSunnybrook Health Science CentreBC Cancer AgencyPrincess Margaret Cancer CentreUniversity of OttawaOntario Institute for Cancer ResearchCentre for Advancing Health OutcomesTranslational Research in OncologyUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesMedical Research CouncilKWF KankerbestrijdingNational Institute for Health and Care ResearchFrancis Crick InstituteCancer Research UKBreast Cancer Research Foundation
Mots-clésClinical trialBiomarkerMedicineImmunotherapyWorkflowRisk stratificationOncologyMedical physicsInternal medicineComputer scienceCancerDatabaseBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Stromal tumor-infiltrating lymphocytes (sTILs) are a potential predictive biomarker for immunotherapy response in metastatic triple-negative breast cancer (TNBC). To incorporate sTILs into clinical trials and diagnostics, reliable assessment is essential. In this review, we propose a new concept, namely the implementation of a risk-management framework that enables the use of sTILs as a stratification factor in clinical trials. We present the design of a biomarker risk-mitigation workflow that can be applied to any biomarker incorporation in clinical trials. We demonstrate the implementation of this concept using sTILs as an integral biomarker in a single-center phase II immunotherapy trial for metastatic TNBC (TONIC trial, NCT02499367), using this workflow to mitigate risks of suboptimal inclusion of sTILs in this specific trial. In this review, we demonstrate that a web-based scoring platform can mitigate potential risk factors when including sTILs in clinical trials, and we argue that this framework can be applied for any future biomarker-driven clinical trial setting.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,075
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,091
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Synthèse · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,075
Score d'incertitude au seuil0,397

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0750,091
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0020,001
Méta-épidémiologie (sens large)0,0020,004
Bibliométrie0,0050,003
Études des sciences et des technologies0,0010,001
Communication savante0,0060,003
Science ouverte0,0030,003
Intégrité de la recherche0,0020,003
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0030,001

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,103
Tête enseignante GPT0,466
Écart entre enseignants0,363 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeSans objet
Domainenon disponible
GenreSynthèse

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations19
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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