Identification of Novel Genes Mediating Survival of Salmonella on Low-Moisture Foods via Transposon Sequencing Analysis
Notice bibliographique
Résumé
Salmonella enterica is the leading foodborne pathogen associated with outbreaks involving low-moisture foods (LMFs). However, the genes involved in Salmonella’s long-term survival on LMFs remain poorly characterized. In this study, in-shell pistachios were inoculated with Tn5-based mutant libraries of S. Enteritidis P125109, S. Typhimurium 14028s, and S. Newport C4.2 at approx. 108 CFU/g and stored at 25oC. Transposon sequencing analysis (Tn-seq) was then employed to determine the relative abundance of each Tn5 insertion site immediately after inoculation (T0), after drying (T1) and at 120 days (T120). In S. Enteritidis, S. Typhimurium and S. Newport mutant libraries, the relative abundance of 51, 80, and 101 Tn5 insertion sites, respectively, was significantly lower at T1 compared to T0, while in libraries of S. Enteritidis and S. Typhimurium the relative abundance of 42 and 68 Tn5 insertion sites, respectively, was significantly lower at T120 compared to T1. Tn5 insertion sites with reduced relative abundance in this competition assay were localized in DNA repair, lipopolysaccharide biosynthesis and stringent response genes. Twelve genes among those under strong negative selection in the competition assay were selected for further study. Whole gene deletion mutants in ten of these genes, sspA, barA, uvrB, damX, rfbD, uvrY, lrhA, yifE, rbsR, and ompR, were impaired for individual survival on pistachios. The findings highlight the value of our combined mutagenesis and sequencing strategy to identify novel genes important for the survival of Salmonella in low-moisture foods.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».