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Enregistrement W3026721625 · doi:10.3233/jnd-200510

Confirmation of TACO1 as a Leigh Syndrome Disease Gene in Two Additional Families

2020· article· en· W3026721625 sur OpenAlexafffund
Yavuz Oktay, Serdal Güngör, Lena Zeltner, Sarah Wiethoff, Lüdger Schöls, Ece Sönmezler, Elmasnur Yilmaz, Benjamin Munro, Benjamin Bender, Christoph Kernstock, Sofie Kaemereit, Inga Liepelt, Ana Töpf, Uluç Yiş, Steven Laurie, Ahmet Yaramış, Stephan Züchner, Semra Hız, Hanns Lochmüller, Rebecca Schüle, Rita Horváth

Notice bibliographique

RevueJournal of Neuromuscular Diseases · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueMitochondrial Function and Pathology
Établissements canadiensOttawa HospitalChildren's Hospital of Eastern OntarioUniversity of Ottawa
Organismes subventionnairesEuropean Social FundNational Eye InstituteNational Heart, Lung, and Blood InstituteMedical Research CouncilCanadian Institutes of Health ResearchLily FoundationCanada Research ChairsNational Institutes of HealthTürkiye Bilimsel ve Teknolojik Araştırma KurumuNational Institute of Neurological Disorders and StrokeBundesministerium für Bildung und ForschungMuscular Dystrophy CanadaNewton FundBroad InstituteTürkiye Bilimler AkademisiNational Human Genome Research InstituteWellcome Trust
Mots-clésMedicineDiseaseGeneticsLeigh diseaseGeneInternal medicineMutationBiology

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

BACKGROUND: In 2009, we identified TACO1 as a novel mitochondrial disease gene in a single family, however no second family has been described to confirm the role of TACO1 in mitochondrial disease. OBJECTIVE: In this report, we describe two independent consanguineous families carrying pathogenic variants in TACO1, confirming the phenotype. METHODS: Detailed clinical investigations and whole exome sequencing with haplotype analysis have been performed in several members of the two reported families. RESULTS: Clinical phenotype of the patients confirms the originally reported phenotype of a childhood-onset progressive cerebellar and pyramidal syndrome with optic atrophy and learning difficulties. Brain MRI showed periventricular white matter lesions with multiple cystic defects, suggesting leukoencephalopathy in both patients. One patient carried the previously described homozygous TACO1 variant (p.His158ProfsTer8) and haplotype analysis suggested that this variant is a rare founder mutation. The second patient from another family carried a homozygous novel frame shift variant (p.Cys85PhefsTer15). CONCLUSIONS: The identification of two Turkish families with similar characteristic clinical presentation and an additional homozygous nonsense mutation confirms that TACO1 is a human mitochondrial disease gene. Although most patients with this clinical presentation undergo next generation sequencing analysis, screening for selected founder mutations in the Turkish population based on the precise clinical presentation may reduce time and cost of finding the genetic diagnosis even in the era of massively parallel sequencing.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,895
Score d'incertitude au seuil0,657

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,012
Tête enseignante GPT0,251
Écart entre enseignants0,239 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations19
Publié2020
Routes d'admission2
Résumé présentoui

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