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Enregistrement W3026862239 · doi:10.1016/j.compbiomed.2020.103815

Multi-scale segmentation in GBM treatment using diffusion tensor imaging

2020· article· en· W3026862239 sur OpenAlexaff
Roushanak Rahmat, Khadijeh Saednia, Mohammad Reza Haji Hosseini Khani, Mohammad Rahmati, Stephen J. Price

Notice bibliographique

RevueComputers in Biology and Medicine · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineMedicine
ThématiqueAdvanced Neuroimaging Techniques and Applications
Établissements canadiensYork University
Organismes subventionnairesNational Institute for Health and Care ResearchNIHR Imperial Biomedical Research CentreUniversity of CambridgeCancer Research UKNvidia
Mots-clésFluid-attenuated inversion recoveryDiffusion MRISegmentationArtificial intelligenceComputer scienceMagnetic resonance imagingMedicineFractional anisotropyConvolutional neural networkWhite matterRadiation treatment planningImage segmentationRadiologyPattern recognition (psychology)Radiation therapy

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Glioblastoma (GBM) is the commonest primary malignant brain tumor in adults, and despite advances in multi-modality therapy, the outlook for patients has changed little in the last 10 years. Local recurrence is the predominant pattern of treatment failure, hence improved local therapies (surgery and radiotherapy) are needed to improve patient outcomes. Currently segmentation of GBM for surgery or radiotherapy (RT) planning is labor intensive, especially for high-dimensional MR imaging methods that may provide more sensitive indicators of tumor phenotype. Automating processing and segmentation of these images will aid treatment planning. Diffusion tensor magnetic resonance imaging is a recently developed technique (DTI) that is exquisitely sensitive to the ordered diffusion of water in white matter tracts. Our group has shown that decomposition of the tensor information into the isotropic component (p - shown to represent tumor invasion) and the anisotropic component (q - shown to represent the tumor bulk) can provide valuable prognostic information regarding tumor infiltration and patient survival. However, tensor decomposition of DTI data is not commonly used for neurosurgery or radiotherapy treatment planning due to difficulties in segmenting the resultant image maps. For this reason, automated techniques for segmentation of tensor decomposition maps would have significant clinical utility. In this paper, we modified a well-established convolutional neural network architecture (CNN) for medical image segmentation and used it as an automatic multi-sequence GBM segmentation based on both DTI image maps (p and q maps) and conventional MRI sequences (T2-FLAIR and T1 weighted post contrast (T1c)). In this proof-of-concept work, we have used multiple MRI sequences, each with individually defined ground truths for better understanding of the contribution of each image sequence to the segmentation performance. The high accuracy and efficiency of our proposed model demonstrates the potential of utilizing diffusion MR images for target definition in precision radiation treatment planning and surgery in routine clinical practice.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Comment cette classification a été obtenuedéplier

Prédiction machine sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,001
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: metacan-v3-hybrid-931329e0061cStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Expérimental (laboratoire) · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: aucune
Score de désaccord entre enseignants0,008
Score d'incertitude au seuil0,015

Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0010,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0010,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,001
Bibliométrie0,0010,001
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0010,001
Science ouverte0,0010,001
Intégrité de la recherche0,0010,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0010,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,115
Tête enseignante GPT0,425
Écart entre enseignants0,310 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle

Classification

machine, non validée

Prédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.

Les modèles n’ont appliqué aucune catégorie : rien dans la taxonomie ne correspondait à ce travail.
Devis d'étudeExpérimental (laboratoire)
Domainenon disponible
GenreEmpirique

Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».

En bref

Citations20
Publié2020
Routes d'admission1
Résumé présentoui

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