TET1 and 5-Hydroxymethylation Preserve the Stem Cell State of Mouse Trophoblast
Notice bibliographique
Résumé
The ten-eleven translocation factor TET1 and its conferred epigenetic modification 5-hydroxymethylcytosine (5hmC) have important roles in maintaining the pluripotent state of embryonic stem cells (ESCs). We previously showed that TET1 is also essential to maintain the stem cell state of trophoblast stem cells (TSCs). Here, we establish an integrated panel of absolute 5hmC levels, genome-wide DNA methylation and hydroxymethylation patterns, transcriptomes, and TET1 chromatin occupancy in TSCs and differentiated trophoblast cells. We show that the combined presence of 5-methylcytosine (5mC) and 5hmC correlates with transcriptional activity of associated genes. Hypoxia can slow down the global loss of 5hmC that occurs upon differentiation of TSCs. Notably, unlike in ESCs and epiblast cells, most TET1-bound regions overlap with active chromatin marks and TFAP2C binding sites and demarcate putative trophoblast enhancer regions. These chromatin modification and occupancy patterns are highly informative to identify novel candidate regulators of the TSC state.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».