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Enregistrement W3028878620 · doi:10.1093/jncics/pkaa045

Establishing a Framework for the Clinical Translation of Germline Findings in Precision Oncology

2020· article· en· W3028878620 sur OpenAlex
Katherine Dixon, Sean Young, Yaoqing Shen, My Linh Thibodeau, Alexandra Fok, Erin Pleasance, Eric Y. Stutheit-Zhao, Martin Jones, Geraldine Aubert, Linlea Armstrong, Alice Virani, Dean A. Regier, Karen A. Gelmon, Dan Renouf, Stephen Chia, Ian Bosdet, Shahrad R. Rassekh, Rebecca Deyell, Stephen Yip, Ana Fisic, Emma Titmuss, Shirin Abadi, Steven J.M. Jones, Sophie Sun, Aly Karsan, Marco A. Marra, Janessa Laskin, Howard J. Lim, Kasmintan A. Schrader

Pourquoi ce travail est dans la base

Une base qui oublie comment elle a trouvé un travail ne peut pas être vérifiée. Voici les voies qui ont admis celui-ci.

affAu moins un auteur déclare une institution canadienne dans l'instantané OpenAlex épinglé.
fundUn bailleur canadien est enregistré sur le travail.

Notice bibliographique

RevueJNCI Cancer Spectrum · 2020
Typearticle
Langueen
DomaineBiochemistry, Genetics and Molecular Biology
ThématiqueCancer Genomics and Diagnostics
Établissements canadiensBC Children's HospitalBC Cancer AgencyChildren's & Women's Health Centre of British ColumbiaCanadian Centre for Applied Research in Cancer ControlProvincial Health Services AuthorityTerry Fox Research InstituteCanada's Michael Smith Genome Sciences CentreUniversity of British Columbia
Organismes subventionnairesGenome British ColumbiaCanada Foundation for InnovationBC Cancer FoundationGenome Canada
Mots-clésMedicineGermlinePrecision oncologyTranslation (biology)OncologyMEDLINEInternal medicinePrecision medicineMedical physicsPathologyGenetics

Résumé

récupéré en direct d'OpenAlex

Inherited genetic variation has important implications for cancer screening, early diagnosis, and disease prognosis. A role for germline variation has also been described in shaping the molecular landscape, immune response, microenvironment, and treatment response of individual tumors. However, there is a lack of consensus on the handling and analysis of germline information that extends beyond known or suspected cancer susceptibility in large-scale cancer genomics initiatives. As part of the Personalized OncoGenomics program in British Columbia, we performed whole-genome and transcriptome sequencing in paired tumor and normal tissues from advanced cancer patients to characterize the molecular tumor landscape and identify putative targets for therapy. Overall, our experience supports a multidisciplinary and integrative approach to germline data management. This includes a need for broader definitions and standardized recommendations regarding primary and secondary germline findings in precision oncology. Here, we propose a framework for identifying, evaluating, and returning germline variants of potential clinical significance that may have indications for health management beyond cancer risk reduction or prevention in patients and their families.

Récupéré en direct depuis OpenAlex et désinversé. Les résumés ne sont pas conservés dans cette base de données : les index inversés représentent 8,6 Go des 9,3 Go de texte de la base, et le serveur dispose de 13 Go libres.

Prédiction distillée sur la base complète

Imitation des enseignants

Ni prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.

score de la tête « metaresearch » (Codex)0,000
score de la tête « metaresearch » (Gemma)0,001
Version: codex-gemma-dda1882f352aStatut de validation: machine_predicted_unvalidated
Catégories candidatesaucune
Catégories consensuellesaucune
DomaineSignal candidat: aucune · Signal consensuel: aucune
Devis d'étudeSignal candidat: Sans objet · Signal consensuel: aucune
GenreSignal candidat: Empirique · Signal consensuel: Empirique
Score de désaccord entre enseignants0,729
Score d'incertitude au seuil0,289

Scores Codex et Gemma par catégorie

CatégorieCodexGemma
Métarecherche0,0000,001
Méta-épidémiologie (sens strict)0,0000,000
Méta-épidémiologie (sens large)0,0000,000
Bibliométrie0,0000,000
Études des sciences et des technologies0,0000,000
Communication savante0,0000,000
Science ouverte0,0000,000
Intégrité de la recherche0,0000,000
Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger)0,0000,000

Scores machine (provisoires)

Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.

Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.

Tête enseignante Opus0,058
Tête enseignante GPT0,383
Écart entre enseignants0,325 · la distance entre les deux têtes enseignantes sur ce seul travail
Statut de validationscore_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découle