Intercepting pandemics through genomics
Notice bibliographique
Résumé
Ecological interactions that cross domains of life have major impacts on ecosystems and human health. Although the coronavirus disease 2019 (COVID-19) pandemic makes this point with destructive clarity, it is clear that zoonotic pathogens pose a standing threat to our species as demonstrated by Ebola, Middle East respiratory syndrome (MERS), and severe acute respiratory syndrome (SARS). Other species experience similar pandemics and are both sources of, and sensitive to, shared pathogens. More than a century ago, Cryphonectria parasitica ( Left ), the fungus that causes Chestnut blight, devastated the American Chestnut tree. Until its eradication in 2011, Rinderpest morbillivirus ( Right ) decimated cattle and other ungulate populations. A biosurveillance system would help prevent future deadly and economically devastating pathogen outbreaks. Image credit: Paul Beales/UK Crown Copyright ( Left ); © Bioimaging at The Pirbright Institute ( Right ). Hence, there is an urgent need to establish a global, genomic-based biosurveillance platform, a development which would be of immense value to biosecurity, biodefense, and the economy. If implemented, this “pandemic interception system” would hugely advance our understanding of the natural world. Three major research programs are poised to support this effort: BIOSCAN, the Earth BioGenome Project (EBP), and the Global Virome Project (GVP). Each of these global programs is now working to develop approaches in comparative genomics that are needed to discover all species and to reveal their interactions. The diversity of infectious agents involved in host–pathogen interactions needs immediate clarification, especially with regard to those agents that transfect phylogenetically divergent lineages. Such information will enable a surveillance system that facilitates preemptive strikes and rapid responses to outbreaks as well as early development of diagnostic pipelines and vaccines. If pursued with a tiny fraction of the resources devoted toward the suppression of COVID-19, rapid progress could be made in identifying every pathogen hosted by birds and mammals … [↵][1]1To whom correspondence may be addressed. Email: kressj{at}si.edu. [1]: #xref-corresp-1-1
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,003 | 0,005 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,001 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,001 | 0,001 |
| Communication savante | 0,003 | 0,003 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,003 |
| Intégrité de la recherche | 0,002 | 0,003 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,017 | 0,007 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».