Variants associated with HHIP expression have sex-differential effects on lung function
Notice bibliographique
Résumé
<ns4:p><ns4:bold>Background: </ns4:bold>Lung function is highly heritable and differs between the sexes throughout life. However, little is known about sex-differential genetic effects on lung function. We aimed to conduct the first genome-wide genotype-by-sex interaction study on lung function to identify genetic effects that differ between males and females.</ns4:p><ns4:p> <ns4:bold>Methods:</ns4:bold> We tested for interactions between 7,745,864 variants and sex on spirometry-based measures of lung function in UK Biobank (N=303,612), and sought replication in 75,696 independent individuals from the SpiroMeta consortium.</ns4:p><ns4:p> <ns4:bold>Results:</ns4:bold> Five independent single-nucleotide polymorphisms (SNPs) showed genome-wide significant (P<5x10<ns4:sup>-8</ns4:sup>) interactions with sex on lung function, and 21 showed suggestive interactions (P<1x10<ns4:sup>-6</ns4:sup>). The strongest signal, from rs7697189 (chr4:145436894) on forced expiratory volume in 1 second (FEV<ns4:sub>1</ns4:sub>) (P=3.15x10<ns4:sup>-15</ns4:sup>), was replicated (P=0.016) in SpiroMeta. The C allele increased FEV<ns4:sub>1</ns4:sub> more in males (untransformed FEV<ns4:sub>1</ns4:sub> β=0.028 [SE 0.0022] litres) than females (β=0.009 [SE 0.0014] litres), and this effect was not accounted for by differential effects on height, smoking or pubertal age. rs7697189 resides upstream of the hedgehog-interacting protein (<ns4:italic>HHIP</ns4:italic>) gene and was previously associated with lung function and <ns4:italic>HHIP</ns4:italic> lung expression. We found <ns4:italic>HHIP</ns4:italic> expression was significantly different between the sexes (P=6.90x10<ns4:sup>-6</ns4:sup>), but we could not detect sex differential effects of rs7697189 on expression.</ns4:p><ns4:p> <ns4:bold>Conclusions:</ns4:bold> We identified a novel genotype-by-sex interaction at a putative enhancer region upstream of the <ns4:italic>HHIP</ns4:italic> gene. Establishing the mechanism by which <ns4:italic>HHIP</ns4:italic> SNPs have different effects on lung function in males and females will be important for our understanding of lung health and diseases in both sexes.</ns4:p>
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,002 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,001 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,004 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».