Germline Variants and Phenotypic Spectrum in a Canadian Cohort of Individuals with Diffuse Gastric Cancer
Notice bibliographique
Résumé
Background: CDH1 pathogenic variants (pvs) cause most cases of inherited diffuse gastric cancer (dgc), but have low detection rates and vary geographically. In the present study, we examined hereditary causes of dgc in patients in Ontario. Methods: CDH1 testing through single-site or multi-gene panels was conducted for patients with dgc meeting the 2015 International Gastric Cancer Linkage Consortium (igclc) criteria, or with isolated dgc at less than 50 years of age, or with a strong family history of cancer identified at the Zane Cohen Centre (zcc). All CDH1-positive patients at zcc, regardless of cancer history, were summarized. Results: In 15 of 85 patients with dgc (17.6%), a pv or likely pv was identified through CDH1 single-site (n = 43) or multi-gene panel (n = 42) testing. The detection rate was 9.4% overall (8 of 85) and 11% using igclc criteria (7 of 65). No CDH1 pvs were identified in patients with isolated dgc at less than 40 years of age, but 1 pv was identified in a patient with isolated dgc at less than 50 years of age. Multi-gene panels identified 9 pvs (21.4%), including CDH1, STK11, ATM, BRCA2, MLH1, and MSH2. Review of 81 CDH1 carriers identified 10% with dgc (median age: 48 years; range: 38–59 years); 41% were unaffected (median age: 53 years; range: 26–89 years). Observed malignancies other than dgc or lobular breast cancer (lbc) included colorectal, gynecologic, kidney or bladder, prostate, testicular, and ductal breast cancers. Lobular-breast cancer was seen only in 3 families. Conclusions: In Ontario, the detection rate of CDH1 pvs in patients with dgc was low: no pvs were identified in patients with isolated dgc at less than 40 years of age, and 1 was identified in a patient with isolated dgc at less than 50 years of age. Isolated lbc with no dgc was observed in CDH1-positive families, as were pathology-confirmed non-dgc or non-lbc malignancies, which had not previously been reported. Given a phenotype that overlaps with other hereditary conditions, multi-gene panels are recommended for all patients with dgc at less than 50 years of age and for those meeting igclc criteria.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,003 |
| Études des sciences et des technologies | 0,002 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,002 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».