Association of gene expression with clinical outcomes in patients with renal cell carcinoma treated with pembrolizumab in KEYNOTE-427.
Notice bibliographique
Résumé
5024 Background: We assessed the association of baseline RNA-sequencing–based gene expression signatures and DNA alterations with response or resistance to pembrolizumab in patients with advanced renal cell carcinoma in cohorts A (clear cell; n = 110) and B (non-clear cell; n = 165) of the phase 2 KEYNOTE-427 study (NCT02853344). Methods: Using RNA-sequencing, we analyzed the association of gene expression signatures (18-gene T-cell–inflamed gene expression profile [GEP]; 10 non–T-cell–inflamed GEP canonical signatures [angiogenesis, gMDSC, glycolysis, hypoxia, mMDSC, MYC, proliferation, RAS, stromal/EMT/TGFβ, WNT]) quantifying tumor microenvironment elements (TME) with objective response rate (ORR) and progression-free survival (PFS). Canonical signatures were derived from 2 databases (TCGA, Moffit) using an algorithm that included genes based on their correlation to reference signatures in the literature. Signature definitions were finalized before linking to the clinical data, and significance was prespecified at 0.10 given the potential for limited power. Canonical signatures were analyzed through regression testing of response for association with consensus signatures after adjusting for T-cell–inflamed GEP and International Metastatic RCC Database Consortium scores in the model. P values were adjusted for multiplicity. Using whole exome sequencing, we also summarized the association of renal cell carcinoma driver gene mutations with ORR. Clinical data cutoff: Jan 30, 2019. Results: Patient characteristics for this analysis were comparable to the overall population. In cohort A, T-cell–inflamed GEP (n = 78) was statistically significantly associated with a better ORR ( P = 0.021; AUROC = 0.65) but not PFS ( P = 0.116). No other TME canonical signatures showed a correlation with ORR or PFS. ORR was estimated for mutations (Table). Conclusions: RNA-sequencing–based, T-cell–inflamed GEP was associated with ORR in patients with clear cell renal cell carcinoma receiving first-line pembrolizumab. Precision was limited by sample size for estimating ORR by specific gene mutation status. Evaluation of tissue-based biomarkers in larger studies are planned. Biomarker analyses from patients in cohort B will also be presented. Clinical trial information: NCT02853344 . [Table: see text]
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».