Outcomes and Immunogenicity of pancreatic cancer stratified by the HRDetect score.
Notice bibliographique
Résumé
4630 Background: The HRDetect score uses whole genome sequencing (WGS) to incorporate patterns of substitution base signatures and structural variation to identify tumours deficient in homologous recombination repair (HRD). HRD-tumours, with a higher mutational burden, may be more immunogenic. Methods: We applied HRDetect to 182 resected pancreatic cancers (PDA) and 233 advanced PDA enrolled on the COMPASS trial; both cohorts underwent WGS after tumour enrichment. Patients were classified as high(hi) or low(lo) according to the published score threshold of 0.7; clinical characteristics and survival outcomes were determined. Immunogenicity of the cohorts was explored by analyzing cytolytic activity (CYT) as measured by RNA expression of perforin and granzyme A. Results: 14% of resected (25/182) and 14% of advanced cases (32/233) were considered HRDetecthi . The median age at PDA diagnosis was younger in HRDetecthi vs HRDetectlo (61 vs 66 years, p = 0.005), with no difference in sex between groups. Of the 57 cases identified, 37 (65%) were considered true HRD-PDA with inactivation of BRCA1, BRCA2, PALB2, RAD51C and XRCC2. The remaining 20 cases, were considered false positives for HRD; of these 7 had evidence of a tandem duplicator phenotype with duplications ranging from 10Kbp to 1Mbp in size and 13 had no defining genomic characteristics of the HRD-subtype. In resected PDA, the HRDetect score after adjusting for stage, was not prognostic. In contrast in a multivariable analysis of advanced cases, both HRDetect (HR 0.51, 95% CI 0.30-0.87, p = 0.01) and the Moffitt RNA classifier were highly prognostic (HR 1.99, 95% CI 1.32-3.00, p = 0.0001) with improved survival in HRDetecthi and classical PDA. Of patients receiving platinum in advanced disease (n = 128) HRDetecthi PDA had longer survival compared to the HRDetectlo (15.6 vs. 9.9 months, p = 0.02) although the interaction term between chemotherapy regimen (gemcitabine vs. platinum) and HRDetect score was not significant in this cohort. HRDetecthi tumours had increased cytolytic activity than HRDetectlo PDA; furthermore, within the cohort of HRDetecthi PDA, higher CYT scores were evident in primary lesions compared to metastatic sites sequenced. Conclusions: A high HRDetect score is prognostic in advanced PDA where patients treated with platinum have longest survival. HRDetecthi tumours have increased cytolytic activity with differences observed between primary and metastatic lesions.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,002 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».