Urinary proteomics links keratan sulfate degradation and lysosomal enzymes to early type 1 diabetes
Notice bibliographique
Résumé
Diabetes is the leading cause of end-stage renal disease worldwide. Our understanding of the early kidney response to chronic hyperglycemia remains incomplete. To address this, we first investigated the urinary proteomes of otherwise healthy youths with and without type 1 diabetes and subsequently examined the enriched pathways that might be dysregulated in early disease using systems biology approaches. This cross-sectional study included two separate cohorts for the discovery (N = 30) and internal validation (N = 30) of differentially excreted proteins. Discovery proteomics was performed on a Q Exactive Plus hybrid quadrupole-orbitrap mass spectrometer. We then searched the pathDIP, KEGG, and Reactome databases to identify enriched pathways in early diabetes; the Integrated Interactions Database to retrieve protein-protein interaction data; and the PubMed database to compare fold changes of our signature proteins with those published in similarly designed studies. Proteins were selected for internal validation based on pathway enrichment and availability of commercial enzyme-linked immunosorbent assay kits. Of the 2451 proteins identified, 576 were quantified in all samples from the discovery cohort; 34 comprised the urinary signature for early diabetes after Benjamini-Hochberg adjustment (Q < 0.05). The top pathways associated with this signature included lysosome, glycosaminoglycan degradation, and innate immune system (Q < 0.01). Notably, all enzymes involved in keratan sulfate degradation were significantly elevated in urines from youths with diabetes (|fold change| > 1.6). Increased urinary excretion of monocyte differentiation antigen CD14, hexosaminidase A, and lumican was also observed in the validation cohort (P < 0.05). Twenty-one proteins from our signature have been reported elsewhere as potential mediators of early diabetes. In this study, we identified a urinary proteomic signature for early type 1 diabetes, of which lysosomal enzymes were major constituents. Our findings highlight novel pathways such as keratan sulfate degradation in the early kidney response to hyperglycemia.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction distillée sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Apprise à partir de 10 348 étiquettes directes de Codex et de 10 348 étiquettes directes de Gemma. Le mode candidate est l'union des têtes enseignantes seuillées; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont ni des étiquettes humaines ni des étiquettes directes de modèles de pointe.
Scores Codex et Gemma par catégorie
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule tête enseignante, pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».