Measuring and Controlling the Local Environment of Surface-Bound DNA in Self-Assembled Monolayers on Gold When Prepared Using Potential-Assisted Deposition
Notice bibliographique
Résumé
DNA self-assembled monolayers (SAMs) were prepared using potential-assisted deposition on clean gold single-crystal bead electrodes under a number of conditions (constant or square-wave potential perturbations in TRIS or phosphate immobilization buffers with and without Cl – ). The local environment around the fluorophore-labeled DNA tethered to the electrode surface was characterized using in situ fluorescence microscopy during electrochemical measurements as a function of the underlying surface crystallography. Potential-assisted deposition from a TRIS buffer containing Cl – created DNA SAMs that were uniformly distributed on the surface with little preference to the underlying crystallography. A constant (+0.4 V/SCE) or a square-wave potential perturbation (+0.4 to −0.3 V/SCE, 50 Hz) resulted in similar DNA-modified surfaces in TRIS immobilization buffer. Deposition using a square-wave potential without Cl – resulted in lower DNA surface coverage. Despite this, the local environment around the DNA in the SAM appears to be densely packed. This implies the formation of clusters of densely packed DNA in the SAM. This effect was also demonstrated when depositing from a phosphate buffer. DNA clusters were significantly reduced when Cl – was present in the buffer. Clusters were most prevalent on the low-index plane surfaces (e.g., {111} and {100}) and less on the higher-index planes (e.g., {210} or {311}). A mechanism is proposed to rationalize the formation of DNA-clustered regions for deposition using a square-wave potential perturbation. The conditions for creating clusters of DNA in a SAM or for preventing these clusters from forming provide an approach for tailoring the surfaces used for biosensing.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,000 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».