Contrasted patterns of local adaptation to climate change across the range of an evergreen oak, <i>Quercus aquifolioides</i>
Notice bibliographique
Résumé
Abstract Long‐lived tree species are genetically differentiated and locally adapted with respect to fitness‐related traits, but the genetic basis of local adaptation remains largely unresolved. Recent advances in population genetics and landscape genomic analyses enable identification of putative adaptive loci and specific selective pressures acting on local adaptation. Here, we sampled 60 evergreen oak ( Quercus aquifolioides ) populations throughout the species' range and pool‐sequenced 587 individuals at drought‐stress candidate genes. We analyzed patterns of genetic diversity and differentiation for 381 single nucleotide polymorphisms (SNPs) from 65 candidate genes and eight microsatellites. Outlier loci were identified by genetic differentiation analysis and genome–environment associations. The response pattern of genetic variation to environmental gradient was assessed by linear isolation‐by‐distance/environment tests, redundancy analysis, and nonlinear methods. SNPs and microsatellites revealed two genetic lineages: Tibet and Hengduan Mountains–Western Sichuan Plateau (HDM‐WSP), with reduced genetic diversity in Tibet lineage. More outlier loci were detected in HDM‐WSP lineage than Tibet lineage. Among these, three SNPs in two genes responded to dry season precipitation in the HDM‐WSP lineage but not in Tibet. By contrast, genetic variation in the Tibet lineage was related to geographic distance instead of the environment. Furthermore, risk of nonadaptedness (RONA) analyses suggested HDM‐WSP lineage will have a better capacity to adapt in the predicted future climate compared with the Tibet lineage. We detected genetic imprints consistent with natural selection and molecular adaptation to drought on the Qinghai–Tibet Plateau (QTP) over a range of long‐lived and widely distributed oak species in a changing environment. Our results suggest that different within‐species adaptation processes occur in species occurring in heterogeneous environments.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,000 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,001 | 0,000 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,000 |
| Communication savante | 0,000 | 0,000 |
| Science ouverte | 0,000 | 0,000 |
| Intégrité de la recherche | 0,000 | 0,000 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,000 | 0,000 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».