Segmentation, retardation and mass approximation of birefringent particles on a standard light microscope
Notice bibliographique
Résumé
This study presents a simple technique for the approximation of retardation, thickness and mass of birefringent particles with a retardation from 8 to 231 nm retardation. Tuning of the imaging system (standard light microscope equipped with a left and a right circular polarizer) to match grey values of polymer retarder films of known retardation with rendered grey values allows for a robust calibration and accurate approximation of retardation. In addition, a technique for accurate particle segmentation using a Canny-Deriche algorithm was used to minimize the bias on mass estimated from different thresholding techniques. The technique was tested using microscopic calcitic plates called coccoliths produced by the marine algal group coccolithophores, and the results compare well with published coccolith mass estimates obtained from volumetric analysis. LAY DESCRIPTION: Material with certain optical properties display interference colours when observed in a light microscope under circular polarized light. This study presents a simple technique for measuring the thickness and retardation of small particles within the 8 to 231 nm retardation range based on the grey values of their interference colours. Retardation is a measure of the distance between waves of two mutually perpendicular polarized light waves after passing through material. The technique involves the tuning of a standard light microscope system equipped with a left and a right circular polarizer and a digital camera to match grey values of polymer retarder films with a known retardation with grey values of a digitially rendered Michel-Lévy chart. A technique for accurate isolation of particles from the image background using a Canny-Deriche algorithm is also described, which avoids possible biased results from thresholding. The techniques were tested using microscopic calcitic plates called coccoliths produced by the marine algal group coccolithophores, and the results compare well with published estimates obtained from volumetric analysis.
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Comment cette classification a été obtenuedéplier
Prédiction machine sur la base complète
Imitation des enseignantsNi prévalence calibrée, ni vérité terrain. Validation humaine à venir. Le volet Gemma est une étiquette directe du modèle pour chaque travail de la base, lue sur la notice réduite au titre. Le volet Codex est un classifieur appris des 10 348 étiquettes directes de Codex et calibré sur les taux pondérés de l'échantillon; les champs sans appui suffisant ne portent aucun appel Codex. Le mode candidate est l'union des deux volets; le consensus est leur intersection. Ces sorties portent le statut machine_predicted_unvalidated et ne sont pas des étiquettes humaines.
Scores du classifieur distillé par catégorie (deux têtes)
| Catégorie | Codex | Gemma |
|---|---|---|
| Métarecherche | 0,001 | 0,001 |
| Méta-épidémiologie (sens strict) | 0,001 | 0,000 |
| Méta-épidémiologie (sens large) | 0,000 | 0,000 |
| Bibliométrie | 0,002 | 0,001 |
| Études des sciences et des technologies | 0,000 | 0,001 |
| Communication savante | 0,001 | 0,001 |
| Science ouverte | 0,001 | 0,001 |
| Intégrité de la recherche | 0,001 | 0,001 |
| Charge utile insuffisante (le modèle a refusé de juger) | 0,001 | 0,001 |
Scores machine (provisoires)
Les deux têtes enseignantes du modèle étudiant, lues sur ce travail. Un score ordonne la base pour la relecture; il n'affirme jamais une catégorie, et le statut de validation accompagne chaque rangée tel quel.
Scores de référence d'un modèle non mature (critères de maturité non atteints, 7 itérations). Un score ordonne; il n'affirme jamais une catégorie.
score_only:v0-immature-baseline · tel quel depuis la passe de notation : score_only signifie que le nombre peut ordonner les travaux, et qu'aucune étiquette de catégorie n'en découleClassification
machine, non validéePrédiction automatique; un appel candidat d’une seule source (Gemma direct ou Codex distillé), pas un consensus.
Le détail, modèle par modèle et score par score, se trouve en fin de page sous « Comment cette classification a été obtenue ».